生产企业在进行进料加工登记手册上计划进口和计划出口的货物全部进口、出口完毕后，在向海关申请核销前，应将进料加工登记手册上的全部进口、出口明细记录进行复印，在海关将手册核销后，持下列资料到主管退税机关办理手册核销手续。
1、向海关办理核销的、记有全部记录的《进料加工登记手册》复印件；
2、《生产企业进料加工海关登记手册核销申请表》；
3、间接出口货物的报关单复印件及发票复印件；
4、间接进口货物的报关单复印件及发票复印件（指开具增值税发票或普通发票，未作为进口料件申报的部分）；
5、向海关补税的税收缴款书复印件（增值税、关税）；
6、海关签发的《加工贸易手册结案通知书》原件；
7、电子数据；
注意：在申报手册核销前，需将此本手册上所有的进口报关单和出口报关单向主管税务机关申报完毕并经税务机关审核结束。
企业在《生产企业进料加工登记手册核销申请》后，应按以下要求进行审核：
1、 海关签发的《进料加工登记手册核销通知书》所核销的手册号是否与企业申请核销的手册号一致；
2、 “结转至其他手册成品”指生产的产品未直接出口，而是在海关保税监管下结转至其他手册或销售给其他企业产品销售额；结转至其他手册成品金额与间接出口报关单上的出口金额合计数及间接出口货物总值是否一致。
3、 “剩余残次成品”是指手册合同履行完后，剩余的残次成品、半成品折人民币金额；“剩余边角余料”手册合同履行完后，剩余的边角余料折人民币金额；剩余残次成品金额换算（根据手册上的单耗计算）为所耗用的免税进口料件金额与剩余边角余料金额之和与海关补征关税的计税依据（扣除应补消费税）是否一致。
4、 “其他减少出口成品”指生产的产品发生内销、损失等没有出口，或虽已出口但未经税务机关审核通过的产品销售额或核定销售额；
5、 “结转至其他手册料件”指手册合同履行完后，未使用完的并结转至其他手册的进口料件金额；是否有已申报的进口料件结转到其他手册上再复出口的情况，如果有，应将结转到其他手册上的进口料件金额在“结转至其他手册料件”栏目反映，并应与提供的相关海关结转材料上的金额一致。
6、 “其它减少进口料件”指进口料件发生内销、退货、损失等没有参与产品生产的情况时，其料件进口金额。若业务发生时已调减了料件进口额，并向税务机关申报过，则不参与本栏目的计算。
7、 属海关补税、进口退货情况的，应在“其它减少进口料件”栏目中反映，金额应与海关补税的计税依据、进口退货金额一致。
1、 与客户签订进、出口合同正本和进料耗料清单，商务局需1进1出正本，海关需要进出口合同、“进料耗料清单”正本数量与手册数量相同用于粘贴在手册上，并按手册数量提供合同（至少其中一份是正本，其余的可以是复印件，但要加盖公章）、“进料耗料清单”供其存底。
2、 办理手续时，需向海关提交企业委托其办理海关业务的委托书和其个人身份证复印件（加盖单位公章）。
3、 将合同录入电脑，上网传输到商务局交其审批。
4、 商务局审批后，工厂在网上打印《加工贸易业务批准申请表》、《进口料件申请备案清单》、《出口成品申请备案清单》、《出口制成品及对应进口料件消耗备案清单（1）》各1份交商务局。(仅需一份)
5、 到商务局贸管科领取盖有“商务局加工贸易业务审批专用章”的《加工贸易业务批准证》、《进口料件申请备案清单》、《出口成品申请备案清单》、《出口制成品及对应进口料件消耗备案清单（1）》，办几本手册就一式几份。
6、 按照合同及《加工贸易业务批准证》的内容填写进料加工登记手册，并在相应位置加盖单位公章，交商务局审批并盖“商务局加工贸易业务审批专用章”。
7、 向商务局递交《加工贸易加工企业生产能力证明》，盖“商务局加工贸易业务审批专用章”后，商务局存1份，工厂取若干份（数量与办手册数量相同）凭以向海关办理手续。
8、 将商务局审批后的手册交国家税务局签署“同意办理”字样并加盖税务局公章。(此步骤好象现在不用了)
9、 交报关行进行手册办理预录入。
10、 往海关加工贸易管理科办理手册。递交《加工合同备案申请表》（每本手册一份表，要填预录入号）、合同等。
11、 如果一个合同要办理若干本手册，还要递交办理多本手册的说明报告。
12、 向海关递交加盖公司公章的“生产排料图”和“生产工艺流程”或者类似海关要求的文件，办几本手册就一式几份。另外，又按手册本数每手册提交各一份供海关存档。
13、 海关经过3级审批后，开具《银行保证金台帐开设联系单》交经办人前往中国银行国际结算部办理设立加工贸易进口料件保证金台帐，取回《银行保证金台帐登记通知单》，将白色海关联交回海关。
(如果需要办理分册，还将继续下列程序)
14、 交报关行进行出口分册办理预录入。
15、 向海关递交办理分册的报告，填写《加工贸易（异地报关、深加工结转）分册申请表》递交海关办理出口分册及合同。