基本规定出口企业以“进料加工”贸易方式减税进口原材料、零部件转售给其他企业加工时，应先填具“进料加工贸易申报表”（格式见附件四），报经主管其出口退税的税务机关同意签章后再将此申报表报送主管其征税的税务机关，并据此在开具增值税专用发票时可按规定税率计算注明销售料件的税额，主管出口企业征税的税务机关对这部分销售料件的销售发票上所注明的应交税额不计征入库，而由主管退税的税务机关在出口企业办理出口退税时在退税额中扣抵。
　　出口企业开展进料加工业务，应按照《海关总署、国家税务总局关于加强协调配合严格出口退税报关单管理和加强防伪鉴别措施的联合通知》（署监〔1996〕32号）中第七条的规定，须先持外经贸主管部门的批件，送主管其出口退税的税务机关审核签章，税务机关须逐笔登记并将复印件留存备查。
　　海关凭盖有主管出口退税的税务机关印章的经贸主管部门的批件，方能办理进口料件“登记手册”；加工的货物出口后，按照下列的规定计算退税。
　　对事先未到税务机关审核签章而以“进料加工”名义出口的货物，凡属于生产企业出口的，一律按照财税字〔1995〕92号文件中第三条、第五条规定的公式计算退税；凡属于外贸企业出口的，其保税进口的原材料、零部件转售给其他企业加工时，应按规定的增值税税率计征销售料件的增值税。
　　计税依据及计算方法外贸企业进料加工复出口的货物，按下列公式计算退税：出口退税额＝出口货物的应退税额－销售进口料件的应交税额销售进口料件的应交税额＝销售进口料件金额×税率－海关已对进口料件的实征增值税税款外贸企业从事的进料加工复出口货物，主管退税的税务机关在计算抵扣进口料件税额时，凡进口料件征税税率小于或等于复出口货物退税税率的，按进口料件的征税税率计算抵扣；凡进口料件征税税率大于复出口货物退税税率的，按复出口货物的退税税率计算抵扣。
　　生产企业以“进料加工”贸易方式进口料件加工复出口的，对其进口料件应先根据海关核准的《进料加工登记手册》填具“进料加工贸易申请表”，报经主管其出口退税的税务机关同意盖章后，再将此申请表报送主管其征税的税务机关，并准许其在计征加工成品的增值税时对这部分进口料、件按规定征税税率计算税额予以抵扣。
　　货物出口后，主管退税的税务机关在计算其退税或抵免税额时，也应对这部分进口料件按规定退税率计算税额并予扣减。
　　计算公式为：当期不予抵扣或退税的税额＝当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×（征税税率－退税率）－当期海关核销免税进口料件组成计税价格×（征税税率－退税率）出口货物退税率调整后，进料加工复出口货物按新退税率计算须从退税款中抵扣的应征增值税税款的执行时间，外贸企业以销售料件的增值税专用发票上注明的时间为准，生产企业以进料加工贸易中报表中申报时间为准。