来料加工、来件装配如何与正常生产经营业务划分，征税税务机关在执行中存在一定困难，为了解决这一问题，现行出口退税管理办法明确规定出口企业以来料加工、来件装配贸易方式免税进口的原材料、零部件、元器件，凭海关核签的来料加工进口料件报关单和来料加工登记手册向主管出口退税税务机关办理《来料加工贸易免税证明》，持此证明向主管征税税务机关申报办理免征其加工或委托加工货物工缴费的增值税、消费税。
出口企业在来料加工、来件装配的货物全部复出口后，必须及时凭来料加工出口货物报关单和海关已核销的来料加工登记手册、收汇凭证向主管出口退税税务机关办理核销手续，逾期未核销的，主管出口退税税务机关将会同海关和主管征税税务机关对其实行补税和处罚。