出口货物退税的预算级次经历了几次变化，1988年前，出口货物应退的产品税或增值税是按出口企业隶属关系分别由中央预算收入和地方预算收入退付的。
后来为了适应外贸体制改革的需要，促进外向型经济发展。
从1988年1月1日起，对出口货物应退的产品税、增值税、营业税税款，一律由中央预算收入退付，中央金库退税的科目是：“中央出口产品退产品税”、“中央出口产品退增值税”、“中央出口产品退特别消费税”。
出口产品应退的营业税已随产品税、增值税一并计算退付，不另设科目退税。
后来，由于出口退税实行与出口创汇任务和上缴外汇任务挂钩的办法，国家税务总局明确出口退税实行计划管理，中央规定退税计划，所退税额先由中央预算收入退付，年度终了后由中央财政与地方财政算帐分摊，以减轻中央财政的压力，1991年中央财政负担90%，地方财政负担10%；1992年调整为中央财政负担80%，地方财政负担20%，对地方政府和主管部门在国家计划外自行追加的超计划出口创汇任务，由地方政府安排退税，不能从中央预算收入退付。
自1994年起，随着税制和外贸体制的改革，出口退税计划不再和出口创汇任务挂钩，而是纳入税务机关内部工商税收计划统一管理，同时对外贸企业出口退税，除1993年地方已经负担的20%部分列入地方上缴中央基数外，以后发生的出口退税全部由中央财政负担。
对有进出口经营权的生产企业自营或委托外贸企业代理出口货物，实行“免、抵、退”税办法，主管征税机关对生产企业在征税时计算免、抵税额，县级以上征税机关根据主管出口退税的税务机关批准下达的“免、抵”税数额（计算公式：免抵税额=[（出口货物离岸价×外汇人民币牌价×退税税率-当期海关核销的免税进口料件组成计税价格×退税税率）-已退税额>调整税收收入，每季度的“免、抵”税数额在下一季度第一月内办理，调整的具体办法是：按“免、抵”税数额同时增加“免、抵调增增值税”和“免、抵调减增值税”两个科目的数额，并将免抵调增增值税的25%部分由中央国库划入地方国库。