是指由直属海关领导，负责办理具体海关业务的海关。
《海关法》规定，国务院设立海关总署，统一管理全国海关。海关机构的设置一般分为海关总署、直属海关和隶属海关三级。海关实行垂直领导的体制，即隶属海关由直属海关领导，向直属海关负责；直属海关由海关总署领导，向海关总署负责。海关按照《海关法》和国家有关法律、法规，在国家赋予的职权范围内自主地、全权地行使海关监督管理权，不受地方政府（包括同级党的机构）和有关部门的干预。
海关的组织机构：海关总署、直属海关、隶属海关。
海关总署：下设广东分署，在上海和天津设立特派员办事处，作为其派出机构。
直属海关：共有41个，除香港、澳门、台湾地区外，分布在全国31个省、自治区、直辖市。
隶属海关：共有562个。
隶属海关是进出境监督管理职能的基本执行单位。
1、开展接单审核、征收税费、验估、查验、放行等通过作业；
2、对辖区内加工贸易实施海关监管；
3、对进出境运输工具及其燃料、物料、备件等实施海关监管，征收船舶吨税；
4、对各类海关监管场所实施监控；
5、对通关、转关及保税货物的存放、移动、放行或其他处置实施实际监控；
6、开展对运输工具、进出口货物、监管场所的风险分析，执行各项风险处置措施；
7、办理辖区内报关单位通关注册备案业务；
8、受理辖区内设立海关监管场所、承运海关监管货物业务的申请；
9、对辖区内特定减免税货物实施海关后续监管。