海关对申报的电子报关单数据实行集中审单制度。海关审单中心收到报关单电子数据，通过计算机系统对报关企业及报关员进行资格认证后，开始进入计算机自动审核程序。报关单电子数据通过规范性审核的，计算机自动接受申报。报关单电子数据经通道判别，交由现场海关进行接单审核、征收税费处理，以及经专业化审核通过后，系统自动完成计征税费程序处理。
1、对报关单的填制进行规范审核，确定是否接受申报。
2、对各职能部门共同参与设定的风险布控目标进行捕捉，并按照预定的风险处置要求通知指定的作业环节（岗位）。
3、根据各职能部门参与设定的审单辅助决策参数、通道判别表和预警式布控进行通道判别和电子派单。
1、海关收到报关人正式申报的报关单电子数据后，电子审单软件首先按预先设定的审核判断条件参数对所申报的电子数据进行规范性审核。
2、报关单电子数据不能通过规范性审核的，海关不接受申报，退回报关单电子数据，允许报关人修改后重新申报，系统自动对外发布“不接受申报”信息，并作退单记录。
3、报关单电子数据通过规范性审核的，海关即接受申报，电子审单软件自动记录接受申报时间，并对报关单电子数据进行通关风险布控捕捉、审单辅助决策审核和电子审单通道判别。提前申报的进、出口货物许可证件有效期以海关接受申报之日为准。货物进出口时，如与申报日汇率、税率发生变化，以电子数据报关单通过海关计算机系统审核日期的汇率、税率计算。进口转关运输货物可以自运输工具申报进境后，货物运抵指运地前，向指运地海关提前申报。申报日期以电子数据报关单通过指运地海关计算机系统审核日期为准。
4、海关接受申报的报关单电子数据经通道判别处理后，分别按预先设定的通道判别表参数转往以下三个海关作业环节，并自动对外发布相关指令：
转由审单中心进行专业化审核，并自动对外发布“等待处理”指令；
转由隶属海关通关现场进行接单审核/征收税费处理，并自动对外发布“现场交单”指令；
转由放行环节进行复核验放处理，并自动对外发布“办理放行交单手续”指令。
交由放行环节复核放行处理程序仅适用于部分特定企业或特定货物，并且只限于已经实行卡口管理的现场海关。
5、经电子审单转由隶属海关通关现场进行接单审核/征收税费处理或转由放行环节进行复核验放处理的报关单电子数据，系统自动完成税费计征处理，核销征免税证明，核注舱单、外汇核销单电子数据，核扣加工贸易登记手册和进出口许可证件等备案数据。