内部控制审计就是确认、评价企业内部控制有效性的过程，包括确认和评价企业控制设计和控制运行缺陷和缺陷等级，分析缺陷形成原因，提出改进内部控制建议。
内部控制审计是通过对被审计单位的内控制度的审查、分析测试、评价，确定其可信程度，从而对内部控制是否有效作出鉴定的一种现代审计方法。内部控制审计是内部控制的再控制，它是企业改善经营管理、提高经济效益的自我需要。
财政部、审计署、证监会、银监会、保监会《企业内部控制基本规范》是内部控制审计的重要依据。依据沪深两市上市公司内部控制指引，沪深两市鼓励上市公司董事会开展内部控制自我评估，在披露年报时披露内部控制自我评估报告，并且同时披露负责年报审计的会计师事务所的审核评价意见。
一般地，企业内部审计部门负责内部控制审计，也可以委托不负责年审的会计师事务所开展内部控制审计。