自主关税是指一国立法机构根据关税自主原则单独制订，不受贸易条约或协定牵制或约束的一种关税。。与协定关税相对。 不自主关税的对称，本国政府独立自主制订和征收的关税。实行自主关税的国家。可同时对缔有贸易协定、在自愿对等基础上相互减让关税的国家实行协定关税。
自主关税是一国不受贸易条约或协定的约束独立自主规定的关税。自主关税可以是只有一个税率的一栏税则，它适用于来自任何国家和地区的商品；也可以是有两个以上税率的多栏税则，分别适用于来自不同国家和地区的商品。
自主关税可分为，前者为对一个税目自主地制订一个税率，适用于来自任何国家或地区的商品；后者为对一个税目制订两个以上的税率，分别适用于来自不同国家或地区的商品。自主关税的主要特点是：
①无论单式或复式税率都可根据国内外市场情况确定，不受贸易条约或协定的约束。 ②可随国内外市场情况的变化加以调整，能够比较灵活地起到保护关税的作用。
自主关税适用于没有签订关税贸易协定的国家，协定关税适用于签订有关税贸易协定的国家。但如果一国与其它国家相互给予关税最惠国待遇，则即使该国同这些国家没有签订关税贸易协定，相互间也同样适用协定关税的税率而不适用自主关税的税率。另一方面，协定关税仅适用于协定范围内的商品，对非协定商品，仍采用自主关税的税率。自主关税的税率高于协定关税的税率。