自营进出口也就是内资企业具有进出口经营权的企事业单位。
现行外贸公司出口货物应退增值税税额，依进项税额计算，具体计算公式为：应退税额＝出口货物数量×加权平均进价×退税率，其退税依据是外贸企业购进出口货物的进价。
而生产企业自营（委托）出口应退的增值税是执行“免、抵、退”或“先征后退”，出口退税的税额取决于出口的离岸价销售收入及其进项税额。
在日常税收管理中，大部分企业采用自营出口或委托外贸公司出口的形式，也有部分企业是把货物销售给外贸公司出口，由外贸公司办理出口退税的形式。
这两种形式由于在退税方面采用不同的退税方式，由此也会产生不同的结果。
如东台市某化工有限公司，主要以化工产品出口为主，2004年度自营出口销售额10461万元（暂不考虑内销货物的销售额），可抵扣的进项税额为870万元，该公司自营出口执行“免抵退”税政策，征税率为17%，退税率为13%，则2004年自营出口销售额10461万元全免。
由于退税率的差异，应作进项税额转出：
10461×（17%－13％）=418.44万元。
应退税额的计算：
①10461×13%=1359.93万元
②应纳税额＝销项税额一进项税额=0－（870－418.44）=－451.56万元
取①②两数较小者为应计算的应退税额，则应退税额为451.56万元，①②两数的差额=1359.93－451.56=908.37万元，退税扣减征税后该企业实际可得到的税收补贴为451.56－0=451.56万元。
（一）各类进出口企业申领出口许可证时，应向发证机关提供的一般文件和材料：
1.出口许可证申请表。申请表（正本）需填写清楚并加盖申领单位公章。所填写内容必须规范。
2.出口合同（正本复印件）。
3.申领单位的公函或申领人的工作证；代办人员应出示委托单位的委托函。
4.非外贸单位（指没有外贸经营权的各机关、团体和企事业单位，下同）申领出口许可证，需提供其主管部门（司、局级以上）证明。
5.第一次办理出口许可证的申领单位，应提供外经贸部或经其授权的地方外经贸主管部门批准企业进出口经营权的文件（正本复印件）。
6.外商投资企业第一次出口申领许可证，应提供政府主管部门批准该企业的批准证书和营业执照（复印件），由发证机关存档备案。
各地在办理时可能还会有一点不同，具体在办理的时候再咨询清楚就可以了。