生产企业的单证主要有代理出口证明、代理进口证明及免抵退税凭证丢失后补办的证明。企业应在“免、抵、退”申报期内向税务机关申报办理有关单证。进料加工业务随一般出口业务一并申报；来料加工和其他证明单独申报。
现行免抵退政策规定，办理免抵退税凭证丢失后补办的证明时，除提供有关凭证外，还要提供申请报告。申报系统增加录入单证申请报告的功能，企业将申请开具单证的申请报告录入申报系统，经检查无误后生成单证申报数据，每月申报期内报送到税务机关，税务机关凭申请报告并核实其他凭证为企业出具各种单证。
企业通过申报系统申报的单证有：开具代理出口证明、代理进口货物证明、出口含金产品免税证明；企业通过申报系统申报的单证申请报告有：关于申请出具《补办出口报关单证明》的报告、关于申请出具《补办出口收汇核销单证明》的报告、关于申请出具《补办代理出口证明》的报告、关于申请出具《代理出口未退税证明》的报告、关于申请出具《出口货物退运已办结税务证明》的报告。