科学关税是指一国为达到某些政策目标，而又使社会为此付出的成本最低时的关税或关税结构。这些目标常常是非经济性质的，如国家独立或军事战备。
具体做法是调整关税结构，使取得每种利益的成本最小化，以便使每种受保护的工业的边际利益与边际成本间的比值均等，以及选定保护的总水平，使利益的边际价值等于保护的边际成本，以取得保护的最大效益。
关税税额等于进口货品成本与本国生产的同类产品成本差额时的关税。当一个国家生产某种商品的成本高于国际上生产同类商品平均成本时，本国产品很难与进口商品竞争，为保护本国经济发展，可以征收关税进行保护。
保护关税的税率必须适当。税率过低不足以抑制进口；税率过高等于禁止进口，使国内企业在高保护下缺乏竞争，不求努力改进技术，提高生产力水平，结果仍不能达到真正保护本国经济长期稳定发展的目的。因此，在关税理论分析中，一般认为，保护关税的税额应相当于国内产品平均成本与国际上生产同类产品平均成本的差额，以使国内产品能在一定限度内与进口商品竞争，这样的关税在理论上讲是科学的。