负有效保护率也叫有效关税率、实际保护率，是指整个关税制度(和有效保护措施)对某类产品在其生产过程中给予净重增值的影响。负有效保护率是指有效保护率为负值。
一个国家采用保护措施，目的是为了使生产过程在保护下能产生比在自由贸易条件下更大的增值。但如果在保护措施作用下，该生产过程的增值额反而小于在自由贸易条件下的增值额，这就形成负保护。在自由贸易条件下，一个生产过程对投入品进行加工制造，一般都会产生价值增值，但一些国家由于某些原因，投入品经过加工制造后，产出品价格按国际市场价格不足以抵偿其投入品的价格，形成负增值。
造成负增值的原因通常是由于工艺技术落后、劳动生产率低下或投入品消耗过高。在自由贸易条件下，生产过程为负增值的产业将难以生存和发展。如果进口国对产出品给予高于其投入品的保护，则可以使产出品价格提高，从而使在贸易保护措施作用下产生的增值额高于自由贸易条件下的增值额。这时，虽然有效保护率为负值，但保护措施为该产业提供了正保护。
根据有效保护率的计算公式，负有效保护率有两种情况：
1、在贸易保护措施作用下，某一生产过程的价值增值小于在自由贸易条件下该生产过程的价值增值。
2、这一生产过程在自由贸易条件下价值增值为负值。