实施增值税的国家，在实际计算税款时，很难准确地划分企业增值项目和非增值项目，所以不是先求出各生产经营环节的增值额并据以纳税，而是采用税款抵扣制。
税款抵扣制是以商品生产流通和劳务服务中的各个环节的增值额为征税对象，消除重复征税。
税款抵扣制首先用纳税人在纳税期内销售货物的销售额乘以适用税率，计算出销售货物的整体税金（销项税额），然后扣除当期购进商品已纳的增值税税款（进项税额），其余额即为纳税人应纳的增值税税额。
进项税额的确定可依据取得的增值税专用发票上注明税款，或依据其他合法扣税凭证计算得到，比较简便易行，目前为大多数国家所采用。