海关特殊监管区域是经国务院批准，设立在中华人民共和国关境内，赋予承接国际产业转移、联接国内国际两个市场的特殊功能和政策，由海关为主实施封闭监管的特定经济功能区域。截至2012年11月，我国已批准在27个省区市设立110个海关特殊监管区域。
海关特殊监管区域现有六种模式：保税区、出口加工区、保税物流园区、跨境工业园区（ 包括珠海跨境工业园区 ，霍尔果斯边境合作区）、保税港区、综合保税区，
进口保税仓库 、出口监管仓库、保税物流中心(分为A型和B型）这三种模式属于保税监管场所。
一是都需要经过国务院审批，纳入国家级开发区范畴，同时享受所在地区国家赋予开发区的优惠政策；
二是采取封闭围网管理，海关特殊监管区域基础和监管设施验收标准有严格的标准，
三是都具有一线二线的通关特征；
四是都具备保税功能，即对区内的货物实施保税政策。
最新数据显示，2012年，全国海关特殊监管区域（包括保税区、出口加工区、保税港区、综合保税区、保税物流园区和珠澳跨境工业园区）进出口累计6068亿美元，同比增长29.2%，占全国外贸进出口总值的15.7%；其中出口合计为2955.3亿美元，同比增长31.6%；进口合计为3112.7亿美元，同比增长26.9%。
在全国海关特殊监管区域所有贸易方式中，区域仓储物流货物进出口值2797.7亿美元，同比增长47%，占比为46.1%。其中，出口值946.7亿美元，同比增长91.1%；进口值1851.1亿美元，同比增长31.5%。进料加工货物进出口值2550亿美元，同比增长21.9%，占比为42%。其中，出口值1750.1亿美元，同比增长18.5%；进口值799.8亿美元，同比增长30.1%。上述两种贸易方式进出口量占比为88.1%。
在全国海关特殊监管区域所有企业性质中，外商独资企业进出口值3340.9亿美元，同比增长5.9%，占比为55.1%。其中，出口值1786.1亿美元，同比增长6.2%；进口值1554.7亿美元，同比增长5.5%。私营企业进出口值1405.4亿美元，同比增长102.9%，占比为23.2%。其中，出口值634.8亿美元，同比增长1.8倍；进口值770.6亿美元，同比增长65.6%。中外合资企业进出口值730.2亿美元，同比增长68%，占比为12%。其中，出口值355.4亿美元，同比增长88.5%；进口值374.9亿美元，同比增长52.3%。上述三种企业性质进出口占比为90.3%。
在全国海关特殊监管区域实际进出口国别（地区）中，美国、香港和日本居前三位。美国进出口值为867.3亿美元，同比增长18.1%，占比为14.3%；香港地区进出口值为866.2亿美元，同比增长97.9%，占比为14.3%；日本进出口值为489.9亿美元，同比增长7.7%，占比为8.1%。上述三国（地区）进出口合计占比为36.6%。
我国自1990年批准设立第一个保税区以来，截至2012年已批准设立了110个海关特殊监管区域。包括12个保税区，47个出口加工区，5个保税物流园区，14个保税港区，30个综合保税区，2个跨境工业园区。其中东部沿海地区78个，内陆及沿边地区32个。
经过多年探索，我国海关特殊监管区域已形成较大的外贸进出口规模、较强的加工制造能力和较好的社会经济效益，逐步成为我国扩大开放的重要窗口，吸引境内外投资的重要载体，促进加工贸易健康发展的先行先试先导区。