企业研发费用加计扣除政策起始于1996年。当年，财政部、国家税务总局为了贯彻落实《中共中央 国务院关于加速科学技术进步的决定》，积极推进经济增长方式的转变，提高企业经济效益，联合下发了《财政部 国家税务总局关于促进企业技术进步有关财务税收问题的通知》（财工字〔1996〕41号），首次就研发费用税前加计扣除问题进行了明确。
加计扣除是企业所得税的一种税基式优惠方式，一般是指按照税法规定在实际发生支出数额的基础上，再加成一定比例，作为计算应纳税所得额时的扣除数额。如对企业的研发支出实施加计扣除，则称之为研发费用加计扣除。 按照现行政策规定，企业为了开发新技术、新产品、新工艺的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。对于科技型中小企业而言，自2017年1月1日至2019年12月31日，研发费用加计扣除比例由50%提高到75%。
1.研发费用加计扣除政策最初仅限于国有、集体工业企业（1996年-2002年）
我国实施企业研发费用加计扣除政策起始于1996年。当年，财政部、国家税务总局为了贯彻落实《中共中央 国务院关于加速科学技术进步的决定》，积极推进经济增长方式的转变，提高企业经济效益，联合下发了《财政部 国家税务总局关于促进企业技术进步有关财务税收问题的通知》（财工字〔1996〕41号），首次就研发费用税前加计扣除问题进行了明确：国有、集体工业企业研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的各项费用，增长幅度在10%以上的，经主管税务机关审核批准，可再按实际发生额的50%抵扣应税所得额。随后，《国家税务总局关于促进企业技术进步有关税收问题的补充通知》（国税发〔1996〕152号）对相关政策执行口径进行了细化。
2.研发费用加计扣除政策享受主体逐步扩大（2003年-2007年）
2003年，为进一步促进社会主义市场经济的健康发展，鼓励各类企业增加科技投入，提高经济效益，促进企业公平竞争，财政部、国家税务总局联合印发了《关于扩大企业技术开发费加计扣除政策适用范围的通知》（财税〔2003〕244号），将享受研发费用加计扣除的主体从 “国有、集体工业企业” 扩大到“所有财务核算制度健全，实行查账征收企业所得税的各种所有制的工业企业”。2006年，《财政部 国家税务总局关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2006〕88号）进一步对享受研发费用加计扣除主体进行扩围，在工业企业基础上，扩大到“财务核算制度健全、实行查账征税的内外资企业、科研机构、大专院校等”。
随着《中华人民共和国行政许可法》的颁布，以及为贯彻落实国务院关于行政审批制度改革工作的各项要求，主管税务机关审核批准制度被取消。2004年，国家税务总局印发了《关于做好已取消和下放管理的企业所得税审批项目后续管理工作的通知》（国税发〔2004〕82号），明确研发费用加计扣除政策，改由纳税人自主申报扣除。
3.研发费用加计扣除政策逐步系统化和体系化（2008年-2012年）
2008年《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的实施，将研发费用加计扣除优惠政策以法律形式予以确认。为便于纳税人享受政策，国家税务总局同年发布《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（国税发〔2008〕116号），对研发费用加计扣除政策做出了系统而详细的规定。《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》（国税函〔2009〕98号），明确新旧税法衔接问题：“企业技术开发费加计扣除部分已形成企业年度亏损，可以用以后年度所得弥补，但结转年限最长不得超过5年”。
4.研发费用加计扣除范围渐次扩大且核算申报不断简化（2013年至今）
2013年初，国家决定在中关村、东湖、张江三个国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区开展扩大研究开发费用加计扣除范围政策试点。当年9月，在总结中关村国家自主创新示范区试点经验基础上，财政部、国家税务总局发布《关于研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》（财税〔2013〕70 号），将试点政策推广到全国。
为进一步鼓励企业加大研发投入，有效促进企业研发创新活动，2015 年 11 月，经国务院批准，财政部、国家税务总局和科技部联合下发 《关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税〔2015〕119号），放宽了享受优惠的企业研发活动及研发费用的范围，大幅减少了研发费用加计扣除口径与高新技术企业认定研发费用归集口径的差异，并首次明确了负面清单制度。《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》（国家税务总局2015年第97号，以下简称“97号公告”），简化了研发费用在税务处理中的归集、核算及备案管理，进一步降低了企业享受优惠的门槛。
2017年5月，为进一步鼓励科技型中小企业加大研发费用投入，根据国务院常务会议决定，财政部、国家税务总局、科技部联合印发了《关于提高科技型中小企业研究开发费用税前加计扣除比例的通知》（财税〔2017〕34号），将科技型中小企业享受研发费用加计扣除比例由50%提高到75%。国家税务总局同时下发了《关于提高科技型中小企业研究开发费用税前加计扣除比例有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第18号），进一步明确政策执行口径，保证优惠政策的贯彻实施。三部门还印发了《科技型中小企业评价办法》，明确了科技型中小企业评价标准和程序。
2017年11月，为进一步做好研发费用加计扣除优惠政策的贯彻落实工作，切实解决政策落实过程中存在的问题，国家税务总局下发了《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号，以下简称“40号公告”），聚焦研发费用归集范围，完善和明确了部分研发费用掌握口径。
财税〔2015〕119号文件对研发费用加计扣除政策在以下方面进行了调整完善。
1.放宽研发活动适用范围。原来的研发费用加计扣除政策，要求享受优惠的研发活动必须符合《国家重点支持的高新技术领域》和《当期优先发展的高技术产业化重点领域指南》两个目录范围，现改为参照国际通行做法，除规定不适用加计扣除的行业外，其余企业发生的研发活动均可以作为加计扣除的研发活动纳入到优惠范围里来。换言之，从操作上以及政策的清晰度方面，由原来的正列举变成了反列举，只要不在排除范围之列，都可以实行加计扣除。
2.进一步扩大研发费用加计扣除范围。除原有允许加计扣除的费用外，将外聘研发人员劳务费、试制产品检验费、专家咨询费、高新科技研发保险费以及与研发直接相关的差旅费、会议费等纳入研发费用加计扣除范围，同时放宽原有政策中要求仪器、设备、无形资产等专门用于研发活动的限制。
3.将创意设计活动纳入加计扣除范围。为落实《国务院关于推进文化创意和设计服务与相关产业融合发展的若干意见》（国发〔2014〕10号）的规定精神，明确企业为获得创新性、创意性、突破性的产品进行创意设计活动而发生的相关费用可以加计扣除。同时明确了创意设计活动的具体范围。
4.简化对研发费用的归集和核算管理。原来企业享受加计扣除优惠政策必须单独设置研发费用专账，但实际上很多企业可能没有单独设立专账核算，申报时往往不符合条件。此次政策调整，只是要求企业在现有会计科目基础上，按照研发支出科目设置辅助账。辅助账比专账更为简化，企业的核算管理更为简便。
5.减少审核程序。原来企业享受加计扣除优惠，必须在年度申报时向税务机关提供全部有效证明，税务机关对企业申报的研发项目有异议时，由企业提供科技部门的鉴定意见，增加了企业的工作量，享受优惠的门槛较高。调整后的程序将企业享受加计扣除优惠政策简化为事后备案管理，申报即可享受，有关资料由企业留存备查即可。另外，在争议解决机制上也进行了调整，如果税务机关对研发项目有异议，不再由企业找科技部门进行鉴定，而是由税务机关转请科技部门提供鉴定意见，从而使企业享受优惠政策的通道更加便捷高效。
科技方面对研发活动的界定
企业研发活动是指具有明确创新目标、系统组织形式但研发结果不确定的活动（见表1）。
经济合作组织（OECD）《研究与开发调查手册》《弗拉斯卡蒂手册》 从研发性质维度，将研发活动分为三类（见表2）：
会计方面对研发活动的界定
《企业会计准则第6号——无形资产》及其应用指南（2006年版）规定：企业内部研究开发项目的支出，应当区分研究阶段支出与开发阶段支出，并应当于发生时计入当期损益。企业应当根据研究与开发的实际情况加以判断，将研究开发项目区分为研究阶段与开发阶段（见表3）。
《小企业会计准则》未对研发活动进行专门定义。按照《小企业会计准则》第三条第一款：“执行《小企业会计准则》的小企业，发生的交易或者事项本准则未作规范的，可以参照《企业会计准则》中的相关规定进行处理”，故可参照《企业会计准则》的定义执行。
《企业会计制度》规定，研究与开发活动是指企业开发新产品、新技术所进行的活动。研究和开发活动的目的是为了实质性改进技术、产品和服务，将科研成果转化为质量可靠、成本可行、具有创新性的产品、材料、装置、工艺和服务。
税收方面对研发活动的界定
财税〔2015〕119号文件对企业研发活动进行了界定。研发活动是指企业为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的系统性活动。
加计扣除是企业所得税的一种税基式优惠方式，一般是指按照税法规定在实际发生支出数额的基础上，再加成一定比例，作为计算应纳税所得额时的扣除数额。如对企业的研发支出实施加计扣除，则称之为研发费用加计扣除。
按照现行政策规定，企业为了开发新技术、新产品、新工艺的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按照规定据实扣除的基础上，按照研发费用的50%加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的150%摊销。对于科技型中小企业而言，自2017年1月1日至2019年12月31日，研发费用加计扣除比例由50%提高到75%。
2.研发费用加计扣除与研发费用据实扣除两者既有相同点又有不同点。
其相同点主要体现在如下方面：
（1）适用对象相同。适用于财务核算健全并能准确归集研发费用的企业。
（2）研发活动特征相同。都是企业为获得科学与技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、工艺、产品（服务）而持续进行的具有明确目标的研究开发活动。
（3）研发费用处理方式相同。企业实际发生的研发支出费用化与资本化处理的原则，按照财务会计制度规定执行。
（4）禁止税前扣除费用范围相同。行政法规和国家税务总局规定不允许企业所得税税前扣除的费用和支出项目，同样不可以加计扣除。
（5）核算要求基本相同。企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理地计算各项研发费用支出。
其不同点主要体现在如下方面：
（1）行业限制不同。享受研发费用加计扣除的企业有行业负面清单的限制，而研发费用据实扣除的企业则没有行业负面清单的限制。
（2）研发费用范围不同。享受加计扣除的企业研发费用范围限于财税〔2015〕119号文件列举的6项费用及明细项，而实行税前据实扣除的企业研发费用范围按照财务会计制度的规定进行确定。