代垫运费指本该由购货方承担的运费，由于承运人不便到购货方收款，而由销售方代购货方垫付给承运部门，然后向购买方收回代垫款项。
销售方发生的代垫运费，其实际付款者是购货方。销货方只是按照合同的约定，受购买方的委托，代购买方将其购买的货物委托承运部门运输到指定地点，代为垫付运输费用或代为办理托运手续并垫付运输费用，然后将垫付款向购买方收回。
税务机关对于代垫运费的检查重点是：
1.把握交易地点，查货物的销售方式，明确该谁承担运费。从理论上讲，购销双方可以商定发货制、送货制或中间任意地点交货。但实际上，购货方往往因注重产品质检，防范运输途中的风险等原因，采取送货制交易方式。在税收征管和检查中，需要从企业提供的资料和现场查看中分析把握：销售方在什么地点丧失货物所有权并获得相应的经济权益，同时购买方拥有货物所有权并形成应付货款。明确交易地点也就明确了谁该承担运费，进而明确了能否实行“两票结算”，税收检查时销售方能否分解混合收入及购买方能否抵扣运费进项税额就一目了然。
2.把握运费发票的开票人，是承运人还是由销售方（包括自行填开或到当地税务部门代理开具），核实是代垫运费、代组织运输还是经营运输。就开票人而言，代垫运费是销售方向承运人索票付款后形成的。当出现以下3种情况时就应重点检查：若是销售方自行填开运票应为混合销售收入；若是销售方到地税部门代理开具运票则是代组织运输；若是销售方向承运人支付运费后加价到地税部门代理开具运票就是经营运输也应为混合销售收入。
3.把握物流和资金流的内在联系，查运票填开内容真实性和完整性，核实虚开、高开运费分解货物销售收入的行为。这就需要创新稽查方式，改变以往“就账查账”的传统做法，实行“五结合关联稽查”方法，即进销项检查与成本检查相结合、实地检查与调账检查相结合、账面检查与逻辑分析相结合、账内检查与账外查证相结合、销售方检查与购进方对应检查相结合。重点检查企业货物取得的真实性、购进货物的运费该由谁承担、购销双方资金收支是否相对应等，特别注意对购销合同和运输合同中销货方式交货地点款项结算的检查分析，进而查实其运票填开内容真实性和进项税额抵扣以及运输费用税前扣除的合法性。
1.利益的驱动是利用“代垫费用”偷逃税收的动因。
少数负有纳税义务的集体和个人为追逐个人经济利益最大化，千方百计利用“代垫费用”来分解、隐瞒销售收入。一方面，购销双方都想实行“两票结算”。当销售方把货物混合销售收入分解转化为运费收入后，销售方可以少缴增值税（运输营业税负低于增值税），购进方也能由于低缴高抵带来购进成本降低。另一方面，“地税征管、国税抵扣”的模式给不法者有可乘之机。举例如下：
经查某水泥厂两份煤炭购货凭证，均采用送货制，分别由两家供货商将货物运达厂家过磅计量验级后挂账结算货款。会计分录为：
借：原材料——燃料（烟煤）
应交税费——应交增值税（进项税金 烟煤）
应交税费——应交增值税（进项税金 运费）
贷：应付账款——X供煤企业（煤款）
应付账款——X供煤企业（运费）
通过查看其购销合同，一份来自襄阳，一份来自咸阳，距离这家水泥厂分别是100多公里和500多公里，都是送货制，价格均为760元/吨。发票开具和货款结算方式为两票制。其中，增值税专用发票550元/吨，余款开运费（分析：距离差几倍，运费一样，显然是倒挤出来的，不真实）。更有甚者，将货款的50%都分解成了运费。
2.税制不完善是“两票结算”方式下税收征管难的根源。
首先，在管理体制方面，运输业涉及两个税种，分别由国税、地税部门管理，地税部门管运票并征收营业税，国税部门管货物运输进项税抵扣，各自的管理侧重点不同，难以避免出现征管漏洞和抵扣不衔接现象。
其次，从增值税管理机制上看，缴纳营业税的运费要进入增值税链条抵扣机制，而国税部门既不管运票及使用，又不管营运收入和收益，再加上运输业经营的特殊性，存在大量代理开具运费发票行为，真业务假开、假业务甚至无业务真开难以查实，带来抵扣管理方面的漏洞。
最后，虽然《增值税暂行条例》及其实施细则规定了不作为价外费用“代垫运费”的两个条件，但没有进一步规定“代垫运费”的判定条件。少数纳税人浑水摸鱼，将实际上是“送货制”的混合销售行为，通过购销合同写明运费由购货方承担，得以在选择缴纳增值税还是营业税上做文章，进而导致增值税征管中争议加大。