代理行模式是指境外参加银行可以在境内代理行开立人民币同业往来账户，通过境内代理行同境内结算银行之间完成跨境贸易人民币结算资金划拨的方式。在这种方式中，境外参加银行也可以不在港澳人民币清算银行或境内代理行直接开户，而是通过其他已经在港澳人民币清算银行或境内代理行开户的境外参加银行和境内结算银行之间完成跨境贸易人民币结算资金划拨。
1．境内企业收款
代理行模式下境内企业收款流程如图
①境外付款企业委托境外参加银行支付人民币货款；
②境外参加银行通过SWIFT通知境内代理银行借记其人民币清算账户，划拨人民币头寸；
③境内代理银行通过中国人民银行人民币结算的CNAPS系统划拨人民币头寸给境内结算银行(如果境内收款企业已在境内代理银行开有账户，也可以直接贷记其账户)；
④境内结算银行通过中国人民银行CNAPS确认收到人民币头寸；
⑤境内结算银行贷记境内收款企业人民币账户。
2．境内企业付款
代理行模式下境内企业付款流程如图
①境内付款企业委托境内结算银行支付人民币货款；
②境内结算银行通过中国人民银行人民币结算的CNAPS系统划拨人民币头寸给境内代理银行；
③境内代理银行通过中国人民银行CNAPS确认收到人民币头寸；
④境内代理银行将人民币头寸贷记境外参加银行的人民币清算账户，并通过SWIFT通知境外参加银行；
⑤境外参加银行收到人民币头寸后，贷记境外收款企业人民币账户(如果境外收款企业不需要人民币，境外参加银行也可以兑换成外币后贷记境外收款企业账户)。