小额支付业务指采取小额批量处理的方法，支付信息定时或实时转发，资金在日间规定时点轧差清算。
小额支付业务分为小额贷记业务、借记业务和定期借记业务三类。小额贷记业务主要包括汇兑、委托收款划回、托收承付划回等贷记业务和定期贷记业务；借记支付业务主要包括银行汇票、旅行支票、国库借记业务，即按照规定凭发起人提交的支付信息直接贷记发起人账户的业务；定期借记支付业务是根据发起人与接收人签订的协议，由收款人发起的，在约定时间生效的业务。对于借记业务，支付系统设置了严格的控制范围。
(一)发起(发起清算行)行
发起行的处理与大额支付支付相同。
(二)发报中心
发报中心接收的小额支付信息，对于非本城市处理中心覆盖的业务，即时发往国家处理中心。对于本城市处理中心覆盖的业务，应在规定的时点轧差后将支付信息分发接收清算行，轧差结果即时自动发送国家处理中心。
(三)国家处理中心
国家处理中心收到发报中心发来的小额支付信息，在规定的时间按接收清算行进行清分，并发送收报中心，同时以直接参与者为单位进行轧差，通过清算账户管理系统进行清算。
(四)收报中心：接收国家处理中心发来的支付信息，即时转发接收清算行。
(五)定时轧差清算：城市处理中心可以定时轧算支付信息差额并通过国家处理中心清算资金。