税收票证损失是指除印制错误外，因自然灾害或人为原因造成的票证丢失(短少)和毁损。自然灾害是指如水灾、火灾、虫蛀、鼠咬、霉毁等。
发现票证损失，要在当天或次日逐级上报至市局票管部门，三日内电话报省局票管部门，一个月内书面报省局票管部门。
丢失票证，经多方查找无法追回的应以正式文件并按规定权限向有关税务机关呈报核销，核销时限为三个月。丢失视同现金管理的票证的核销权限为：25份以下（含25份）由市局批准，报省局备案；25份以上报省局批准。丢失非视同现金管理的票证的核销均由市局批准，报省局备案。
丢失征税专用章、退库专用章的，要呈报省局票管部门批准核销。对丢失的章戳，要登记备案，原号码作废，不再使用。丢失已填开的票证，属税款未结报的，视同未填用的票证处理。
税务机关对票证发生损失所进行的处理工作。由于税收票证的特殊作用，发生票证损失随时可能带来国家税款的损失，为此，各级税务机关要采取切实措施，严防票证损失，一旦发生损失，要严肃查处。
（1）因严重自然灾害等人力不可抗拒的事故，造成票证损失时，由受损单位及时清点，报经上级税务机关核实后，予以核销。
（2）因被盗、被抢造成票证损失时，应及时查明损失票证的字轨、号码和数量，并立即报告上级税务机关和报请当地公安机关协助查缉，不能及时查回的票证，应及时登报声明作废。
（3）因保管不善等责任事故造成票证损失的，要及时报告单位领导，查明原因和责任，报请上级税务机关处理。对责任人，应按规定处以罚款或责令其赔偿（有价证券原则上照价赔偿）。
一、票证毁损处理
票证毁损处理业务规程：
1、清点核查
由受损单位及时组织清点核查。
2、填制票款损失报告单
清查后票证没有发生丢失，仅发生毁损的，应封存保管毁损残票，并按毁损票证资料填写一式四份《票款损失报告单》。
3、上报核销
按规定权限逐级上报上级税务机关核实批准后，予以核销并按销毁程序进行销毁。
票证毁损处理业务流程图：
二、票证丢失处理
票证丢失处理业务规程：
1、清查
不论数量多少，丢失票证单位都要及时查明丢失票证的字别、号码和数量。
2、组织调查
丢失票证单位应及时组织人员进行调查，必要时，通过报纸、电视等新闻媒体或请求邻近税务部门协助查找。票证因被盗、被抢造成损失的，还应及时报请当地公安机关协助查缉。
3、声明作废
经查不能追回的票证，应及时声明作废。
4、上报核销
填制《票款损失报告单》，附丢失单位调查报告及丢票人的丢失情况报告和责任人检讨，按规定权限逐级上报上级税务机关核实批准后，予以核销。
5、追回票证处理
丢失后又追回的票证，应封存保管，批准核销后按销毁程序进行销毁。
票证丢失处理业务流程图：