所谓拨入专款是指事业单位收到的财政部门、上级单位或其他单位拨入的有指定用途，并需要单独报账的专项资金。
（1）财政机关拨入的专款；
（2）主管部门或上级单位用非财政补助收入资金拨入的专款；
（3）社会其他单位或个人无偿损赠的、不需留本，但有指定的专门用途的款项。
设置“拨入专款”科目。收到拨款时，贷记本科目；缴回拨款时，贷记本科目。在项目完成前，拨入专款与专款支出的差额不得转入事业单位的普通基金或其他基金。年底结账前，若项目仍未完工，则根据各事业待业的会计制度，或将收支挂账，或将收支相抵后的余额用专门科目，如“”拨入专款结存“”单独列示，留待下一年继续使用。项目完成后，该项目的拨入专款若有结余，应按拨款人的规定，或是上缴，或是留归单位用于正常业务，或是用于其他特殊业务。本科目应按资金来源和项目设明细账。
一、本科目核算科学事业单位由于项目未完成而需结转下年度继续使用，并在期末形成的拨入专款结存。本科目与“拨入专款”科目相对应。
二、期末结转余额时，借记“拨入专款”科目，贷记本科目。
三、以后年度按规定继续使用时，借记“专款支出”科目，贷记“银行存款”等科目；期末结转时，借记本科目，贷记“专款支出”科目。按规定拨入专款结存的余额留归本单位时，借记本科目，贷记“事业基金—一般基金”科目。
四、本科目为贷方余额，反映尚未使用的拨入专款结存数额。
一、隐瞒拨入专款收支
将拨入专款项目资金直接进入本单位经费户进行核算，并把拨入专款列入“其他应付款”科目，且在此科目直接列支其他费用支出，进行挪用拨入专款资金，从其会计报表上看，“拨入专款”收支，销声匿迹。
二、虚列拨入专款支出
将拨入专款项目资金在下拨到基层实施项目过程中，一是采取虚列工程项目支出，其方式是：在工程决算单中，未做项目列项目，做了项目，采取虚增工程量。二是采取拨入专款项目资金回流手段，其方式是：以支助、赞助等巧立名目或其他形式向项目单位要回部分资金。
三、对拨入专款项目资金缺乏跟踪问效
对拨入专款项目支出缺少调查、探讨其资金使用效果情况。如：在近两年文化专项资金审计调查发现，农村电影放映专项经费投入较大，但审计实地调查结果表明：其一是宣传效果并不明显，主要原因是农村各家各户都安装了电视、甚至电脑，导致电影较少人看。其二是农村、农民呼声能否把类似专项资金调剂到完善农村文化、娱乐、休闲等设施维护方面去。而相关部门对此又了解了多少呢？
四、把拨入专款变成礼上往来款
有极个别单位说是为了向上争取更多的项目资金，理直气壮地在拨入专款项下以“专项会议费”、“争项争资”费名义，列支招待费、礼品及高档烟酒等，直接挪用拨入专款项目资金。