财政周转金的运用方因有偿使用周转金而发生的支出。财政周转金作为财政资金有偿分配的方式，周转金的占用方无论是下级财政机关，还是具体的用款单位，都须支付一定的费用，目的在于提高资金的使用效果。
具体包括周转使用过程中支付资金占用费、手续费及管理机构的费用。资金占用费是下级财政因借入财政周转金而付给上级财政的费用，手续费指财政部门委托银行办理放款和回收业务而支付的手续费，管理机构费用指单独设置周转金专门管理机构的人员经费和公用经费，或不设单独机构而开支的少量业务经费。管理机构费用通常在规定的额度或比例内开支，一般采用委托本单位机关行政财务部门具体输，转账结算。无论是总预算会计，还是单独设立的周转金管理机构都不允许开支现金。
各级地方财政总预算会计设置“财政周转金支出”科目，核算因使用周转金而发生的各项支出。发生有关费用时记入该科目借方，支出收回时记入该科目贷方，本科目平时借方余额反映财政周转金支出累计数，年终，本科目借方余额应如数转入“财政周转金收入”科目借方。“财政周转金支出”科目下设“占用费支出”和“业务费支出”两个明细科目。前者核算因借入上级财政周转金而支付的资金占用费，后者核算委托银行放款而支付的手续费以及经财政部门确定的有关费用支出。