加工贸易分册是指在海关核发的加工贸易《登记手册》（以下简称总册）基础上，因企业报关需要，由企业申请并经主管海关批准，将总册的部分内容重新登记备案，由海关核发该部分内容的加工贸易《登记手册》（以下简称分册）。分册含基本情况表、进口料件情况或出口成品情况（或两者兼有），分册可分为异地报关分册（指备案地海关与口岸海关不使用同一台计算机主机）和深加工结转分册。异地报关分册用于异地报关进出口，深加工结转分册用于异地深加工结转出口和本地深加工结转进口。
企业向海关申请分册时应提交下列单证：
1.已填写并加盖企业印章的《加工贸易分册申请表》；
2.已预录入的《加工贸易分册呈报表》；
3.海关核发的总册；
4.申请深加工结转分册的应提供外经贸部门出具的深加工结转批件；
5.海关需要的其他单证。
海关保税人员应认真审核企业所递交的单证，符合下列条件的予以核发分册：
1.《加工贸易分册呈报表》的手册编号应与总册的手册编号相同；
2.分册的有效期在总册的有效期之内；
3.分册只能有一个口岸，异地报关分册的口岸必须在总册审批口岸范围之内，深加工结转分册的口岸可超出总册审批口岸范围；
4.分册的进出口商品项必须在总册审批的商品项范围内；
5.分册经营单位、加工生产单位、商品序号、品名、规格型号、计量单位、单价、币制等必须与总册对应项一致；
6.分册的进出口商品数量必须在总册备案的对应商品数量范围之内。分册申请商品进出口数量《总册备案对应项数量—总册对应项已进口或出口数量—已签发分册对应项累计备案数量》；
7.深加工结转分册可分为本地深加工结转进口分册与异地深加工结转出口分册。异地深加工结转出口分册备案内容包含出口成品部分，不包含进口料件部分，用于异地深加工结转出口；本地深加工结转进口分册的备案内容包含进口料件部分、不得包含出口成品部分，限用于在主管海关关区范围内的深加工结转进口。总册在本地口岸无法周转，由企业申请并经主管海关关长批准，可核发深加工结转进口分册；其他情况一律不核发深加工结转进口分册。
1.分册可以延期，但不得超过总册的有效期限；
2.分册的进口或出口商品项可以增减，但增加的商品项必须在总册的进口或出口商品项范围之内。