近期，某市某制药股份有限公司系高新技术企业，在2009年度汇算清缴中，其财务人员就如下问题提出咨询，其企业以上年度可弥补亏损160万元，2009年度经调税调整后汇算，应纳税项目所得额为－430万元，另外其企业当年还发生能单独准确核算的符合条件的药品开发技术转让收入600万元，技术转让成本和相关税费60万元，技术转让所得540万元。为此，该公司按照《国家税务总局关于企业的免税所得弥补亏损问题的通知》（国税发[1999]34号）的规定，将免税所得对企业当年和以前年度亏损进行了弥补处理后，结转以后年度可弥补亏损50万元，税务部门提出这种计算方法错误，应税项目与免税项目应各自计算纳税、补亏，不得互相调剂使用“资源共享”。

　　这里需要指出的是，关于应税项目与免税项目的计算补亏问题，此前国税发[1999]34号文件的处理方法为，如果一个企业既有应税项目，又有免税项目，其应税项目发生亏损时，按照税收法规规定可以结转以后年度弥补的亏损，应该是冲抵免税项目所得后的余额。此外，虽然应税项目有所得，但不足弥补以前年度亏损的，免税项目的所得也应用于弥补以前年度亏损。

　　但新企业所得税法施行中，上述政策中免税所得可用于弥补应税项目亏损的规定已不再适用，因而该制药企业的上述做法是不正确的。根据《企业所得税法实施条例》第十条规定，企业所得税法所称亏损，是指企业将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。此条的规定，体现了国家对企业的税收优惠政策，也明确了企业免税所得包括不征税收入不再用于弥补亏损。

　　另外，关于税收优惠填报口径，《国家税务总局关于做好2009年度企业所得税汇算清缴工作的通知》（国税函[2010]148号）第二条第（六）款进一步作出明确规定，对企业取得的免税收入、减计收入以及减征、免征所得额项目，不得弥补当期及以前年度应税项目亏损；当期形成亏损的减征、免征所得额项目，也不得用当期和以后纳税年度应税项目所得抵补。也就是说应税项目与减免税项目不得“互为调剂”，而应各自纳税与补亏。

　　就本例而言，该公司2009年度的发生的应税项目亏损430万元及上年度亏损160万元，应按税法规定结转以后年度弥补，而其技术转让所得，根据《实施条例》第九十条及《国家税务总局关于技术转让所得减免企业所得税有关问题的通知》（国税函[2009]212号）规定，符合条件的技术转让所得免征、减征企业所得税，是指一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税。因而该制药企业应缴纳企业所得税5万元（600－60－500）×25%×50%。

　　这里需要说明的是，根据《国家税务总局关于进一步明确企业所得税过渡期优惠政策执行口径问题的通知》（国税函[2010]157号）规定，居民企业取得《企业所得税法》第九十条规定可减半征收企业所得税的所得，是指居民企业应就该部分所得单独核算并依照25%的法定税率减半缴纳企业所得税。所以这里的技术转让所得税率适用不能按15%的税率执行。反之，如果企业当年应纳税项目所得额为400万元，技术转让所得为－240万元，其他条件不变，则其2009年度应纳企业所得税36万元[（400－160）×15%]，技术转让所得发生的亏损留待以后年度用相应的免税所得项目进行弥补而不能用应税所得400万元进行当期弥补。