为了进一步规范特大防汛抗旱补助费的分配制度，科学、合理地分配特大防汛抗旱补助费，财政部、水利部于2001年4月13日共同颁发了《特大防汛抗旱补助费分配暂行规定》（财农[2001]30号），自2001年1月1日起执行。 规定明确了特大防汛抗旱补助费的适用范围，补助经费安排的原则、影响因素及计算方法等。
这个规定的最大特点，在于首次采用了“因素法”来决定对特大防汛抗旱补助费的分配，即通过对成灾面积、损失情况、财政状况、抢险救灾情况和经费管理情况等因素进行量化，采用计算公式和相关调整系数计算经费分配额度。这样做不仅给预算分配提供了科学、规范的依据，而且大大增强了预算分配的公正性与透明度。
由于中央直属流域机构的特殊性，对中央直属流域机构特大防汛抗旱补助费的安排，仍按原规定执行。
