有出口卷烟经营权的企业出口国家出口卷烟计划内卷烟，免征增值税、消费税。
其他非计划内出口的卷烟照章征收增值税和消费税，出口后一律不退税。
（一）卷烟出口企业购进卷烟出口的，卷烟生产企业将卷烟销售给卷烟出口企业时，免征增值税、消费税，出口卷烟的增值税进项税额不得抵扣。
（二）有出口经营权的卷烟生产企业按出口计划直接出口自产卷烟，免征增值税、消费税，出口卷烟的增值税进项税额不得抵扣。
（三）卷烟生产企业委托卷烟出口企业按出口计划出口自产卷烟，在委托出口环节免征增值税、消费税，出口卷烟的增值税进项税额不得抵扣。
卷烟出口企业（受托方）应在卷烟出口之日起60日内按照《国家税务总局关于出口货物退（免）税若干问题的通知》（国税发〔2006〕102号）第四条规定，向退税机关申请开具《代理出口货物证明》。
有关资料审核无误且出口卷烟牌号、卷烟生产企业、出口国别（地区）、外商单位等与免税出口卷烟计划相符的，由退税机关开具《代理出口货物证明》；卷烟出口数量超过免税出口卷烟计划以及未在列名口岸报关等不符合免税出口卷烟规定的，退税机关一律不得开具《代理出口货物证明》。
免税出口卷烟须从黄埔、上海、大连、天津、宁波、满洲里、霍尔果斯、阿拉山口、瑞丽、打洛、晖春、丹东海关（以上均不包括其下属海关）直接报关出口，不得转关出口。
对从上述海关以外的海关报关出口的免税卷烟，主管卷烟出口企业退（免）税的税务机关不得核签《准免证》，并通知主管卷烟生产企业征税的税务机关依法予以补税。
另外，自2002年6月1日起，总局决定增列上海海关所属外港海关（即上海外高桥港口办事处）、厦门海关所属海沧办事处（2003年4月，调整为厦门海关东渡办事处）为免税卷烟出口口岸；同时准予对在免税出口卷烟计划内供应给上海远洋船舶供应公司的出口货物报关单上加盖“上海海关”验讫章的出口卷烟，予以免税核销。
卷烟出口企业（第一、二种情况）或卷烟生产企业（委托方，第三种情况）应在免税卷烟报关出口次月起4个月的申报期内，向主管其出口退（免）税的税务机关申报办理出口卷烟的免税核销手续。
申报免税核销时应提供以下资料：
1. 出口卷烟免税核销申报表；
2. 出口货物报关单（出口退税专用）；
3. 出口收汇核销单（出口退税专用）。
申报时出口货物尚未收汇的，可在货物报关出口之日起210日内提供出口收汇核销单（出口退税专用）复印件；属于远期收汇的，应提供远期结汇证明复印件；
4. 出口发票；
5. 出口合同；
6. 出口卷烟已免税证明（第一种情况提供）。
主管退税机关应对卷烟出口企业或卷烟生产企业的免税核销申报进行审核（包括出口货物报关单、出口收汇核销单等电子信息的比对审核），对经审核符合免税出口卷烟有关规定的准予免税核销，并填写《出口卷烟免税核销审批表》。
退税机关应按月对卷烟出口企业未在规定期限内申报免税核销以及经审核不予免税核销的情况，填写《出口卷烟未申报免税核销及不予免税核销情况表》，并将该表及《出口卷烟免税核销审批表》传递给主管卷烟出口企业征税的税务机关，由其对卷烟出口企业未在规定期限内申报免税核销以及经审核不予免税核销的出口卷烟按照有关规定补征税款。
免税出口卷烟如果发生内销或出口后又退关的，卷烟出口企业应立即补缴该批卷烟的已免税款；对采取非法手段骗取免税的企业，按《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处罚；对骗税情节严重的企业，经国家税务总局批准停止其半年以上免税出口卷烟的经营权，并移交司法机关处理。