生产企业完成预申报并进行了预审反馈信息处理之后，便可以进行免抵退税的正式申报。
在正式申报之前，企业需要先将已经申报的并经征税部门签章的增值税纳税申报表中的部分信息录入到出口退税申报系统中，然后录入免抵退税申报汇总表（该表可以由出口退税申报系统自动计算得出）。
对于没有经过预申报而直接进行正式申报的企业，须在录入汇总申报数据之前，进行明细申报数据的录入。
数据录入完后通过申报系统打印出相关报表，生成电子申报数据。
电子申报数据分为明细申报数据和汇总申报数据，其中明细申报数据包括：进料加工海关登记手册明细数据、进料加工海关登记手册核销明细数据、进料加工进口料件明细数据、出口货物明细数据、收齐前期单证明细数据；汇总申报数据包括：增值税纳税申报表数据、免抵退税申报汇总表及其附表数据。
将所有的申报资料准备好后，生产企业便可以在规定的期限内到主管退税部门进行免抵退税正式申报。
免抵退税正式申报的相关要求：
申报时间：增值税纳税申报之后，退税申报期（每月1-15日）之内，逢节假日顺延。
申报资料：
⑴免抵退税申报电子数据（包括明细申报数据和汇总申报数据）
⑵经外汇管理部门签章的出口收汇核销单（退税专用联）或远期收汇证明单（自营出口货物提供）
⑶加盖海关验讫章的出口货物报关单（退税专用联，自营出口货物提供）
⑷经税务机关签章的代理出口货物证明（代理出口货物提供）
⑸企业签章的出口发票
⑹《生产企业出口货物免、抵、退税申报明细表》（当期出口明细）
⑺《生产企业出口货物免、抵、退税申报明细表》（前期单证收齐明细）
⑻《生产企业出口货物免、抵、退税申报汇总表》及其附表
⑼经征税部门签章的《增值税纳税申报表》及其附表
有进料加工业务的，还须报送以下资料：
⑽新办的进料加工海关登记手册原件
⑾要核销的进料加工海关登记手册原件
⑿进口货物报关单
⒀经税务机关签章的代理进口货物证明（代理进口货物提供）
⒁《生产企业进料加工海关登记手册申报明细表》
⒂《生产企业进料加工进口料件申报明细表》
⒃《生产企业进料加工贸易免税申请表》
⒄《生产企业进料加工海关登记手册核销申请表》
⒅税务机关要求的其他资料
以上资料须按照退税部门的规定要求装订成册。
申报方式：上门申报
申报部门：主管退税部门
主管退税部门接到企业报送的免抵退税正式申报资料后，首先要对其申报的电子数据进行病毒检测，并对其他申报资料进行核实。
核实通过的收下企业的申报资料。
对于病毒检测未通过或申报资料核实有问题的，应当场将申报资料退还给申报企业。
对企业申报资料的核实内容是：
⑴企业报送的免抵退税凭证的内容、印章是否齐全、真实、合法、有效；
⑵企业报送的各项报表的种类、内容、签章是否齐全、准确；
⑶企业报送的申报资料是否按规定装订成册。
主管退税部门对企业申报资料检查无误后，将企业申报的电子数据读入至出口退税审核系统中，开始进行审核。
企业免抵退税正式申报资料的审核工作分为人工审核和计算机审核两个步骤，正式审核工作须在当月月底前完成。
（一）免抵退税的人工审核
免抵退税的人工审核主要是对申报企业的资格、出口货物、计税依据、退税申报资料的完整性、合法性，以及企业申报的原始单据、相关报表和电子数据的一致性等进行审核。
在确保企业资格合法，申报资料完整有效的前提下，进行计算机审核。
人工审核结束后，对于审核未通过的，审核人员须在出口退税审核系统中撤销企业的电子申报数据，并将全部资料退还给申报企业，申报企业回去将申报资料修改后重新进行申报。
对于审核通过的，审核人员须继续进行计算机审核。
（二）免抵退税的计算机审核
免抵退税的计算机审核是指对企业申报的电子数据进行自身逻辑关系审核，同时与海关、外汇管理、征税等部门提供的电子信息进行交叉对审。
其主要作用是通过审核发现疑点并进行处理，以保证审核结果的准确性。
由于企业在申报数据的录入环节中可能出现失误或者错误，税务机关从海关、外汇管理、征税等部门获取的外部电子信息也可能出现异常。
这些因素都会导致计算机审核过程中出现疑点信息，致使审核过程中断。
这时就需要审核人员对疑点原因进行分析处理。
审核疑点分为三类：
提示类疑点：错误级别代码为"空"，这类疑点不影响审核结果；
警告类疑点：错误级别代码为"W"，这类疑点影响审核结果，应检查无误后予以人工挑过或修改企业申报数据；
错误类疑点：错误级别代码为"E"，这类疑点影响审核结果，应深入检查，必要时应进行评估调查，慎做人工挑过及相应处理。
计算机审核过程中产生疑点时，审核人员须对疑点产生的原因进行核实，并按照疑点处理的有关规定，将核实后可以通过的疑点进行人工挑过，并将疑点核实的结论写入疑点处理意见。
然后可以采用修改数据、人工挑过、函调等相应方法进行处理。
对于少量需修改数据的操作，在不影响免抵退税汇总表数据的情况下，审核人员在经过申报企业的同意后可以直接调整企业申报数据。
若企业申报数据中含有企业自身原因造成的错误，或对错误数据的调整会导致免抵退税汇总申报表数据的变化时，则需要将申报资料退回给企业，由企业进行重新申报。
正式审核结果的反馈包括申报资料的反馈和电子信息的反馈。
1.申报资料的反馈
退税部门将企业的免抵退税正式申报审核通过后，首先要在各种申报表中签字盖章，然后将需要返还给申报企业的相关联次整理好，并返还给申报企业。
2.电子信息的反馈
企业申报的免抵退税正式申报数据在退税部门进行审核的过程中可能会由于种种原因被调整，这就会导致退税部门审核通过的电子数据与企业申报系统中的原始申报电子数据不符，进而会影响企业下期申报数据的准确性。
为保证企业申报系统中的申报数据与退税部门审核通过的申报数据保持一致，退税部门需要在免抵退税正式审核通过并将电子数据转入历史库之后，利用审核系统生成免抵退税正式审核反馈信息，并交给申报企业。
申报企业取得正式审核反馈信息后，将其读入至出口退税申报系统中，然后进行反馈信息处理更新原申报数据。