“单证不齐”指企业在进行申报时，有关退税原始单证纸质没有收齐，如出口报关单、核销单或代理出口证明单据没有收齐（核销单收齐必须是已经核销后的收齐）。如果没有收齐，需要在出口明细的“单证不齐标志”项目中相应地置上“B”、“H”、“D”等标志（分别表示报关单、核销单、代理出口证明没有收齐），也就是说“单证不齐”是企业在申报前就可以自己知道，并做相应处理的。已经置上“单证不齐”标志的数据申报后，在进行审核时是暂不参与“免、抵、退”税计算的，待以后所属期进行了“收齐出口单证明细”申报后才参与以后所属期的“免、抵、退”税计算。
考虑到实际资料整理规范的需要，企业在当期申报中若只收齐报关单和核销单其中一种单证时，则将两种单证都作为“单证不齐”处理，待两单证同时收齐时再同时作为“单证收齐”，然后在实际收齐的所属期进行收齐前期单证的申报。这样可以避免同笔出口业务的报关单和核销单不装订在同一期申报资料中。