生产企业的进料加工业务有两种计算方法--实耗法和购进法，企业可以在系统配置中进行选择。税务机关对两种方法的管理过程是相同的，分为手册登记、开具证明、手册核销；企业应向税务机关报送的信息有手册登记信息、进口料件和复出口货物明细信息、手册使用完的核销信息。
手册登记是办理进料加工业务的第一步，生产企业取得海关核发的进料加工手册后发生第一笔进口料件时或之前应办理手册登记。手册登记的内容为进料加工手册合同备案情况，企业将合同备案情况按要求录入申报系统，在申报期内报送到税务机关。
实耗法的登记内容包括手册号、计划进口总值、计划出口总值、计划分配率、手册有效期，其中计划分配率＝计划进口总值÷计划出口总值。
购进法的登记内容包括手册号、复出口商品码、征税税率、退税率、手册有效期，其中复出口商品码、征税税率、退税率是指手册中一种主要复出口商品的代码及其对应的征税税率和退税率。
手册登记是后续录入和计算的基础。企业录入进口料件明细和出口货物明细时，系统将检测对应的手册是否已登记，若已经登记，则可以继续录入其它字段，否则系统拒绝接受其它字段的录入；系统模拟开具进料加工免税证明时也以手册登记的内容为基础。
外加功能：序号重排。为方便录入数据，系统允许录入时序号重复、不连续，但生成申报数据时序号必须连续且不重复。使用序号重排的外加功能可重新排列序号。
〖生成申报数据〗后， sb_flag = “R”
〖撤销已申报标志〗后， sb_flag = “ “
〖反馈信息处理〗后， sb_flag = “R”，sh_flag = “R”
【所属期 】规则：4位年份+2位月份，如：200201
【序号 】规则：4位流水号，如：0001、0002...
【进料登记册号】含义：海关进料加工登记手册、账册编号
【原币代码 】含义：合同中使用的币别代码
【计划进口总值】含义：合同规定的剔除客供辅料后的进口总值
【计划出口总值】含义：合同规定的出口总值
【计划分配率 】规则：计划分配率＝计划进口总值÷计划出口总值×100%
【征税税率 】含义：复出口货物的征税税率
【退税率 】含义：复出口货物的退税率
【手册有效期 】含义：合同中规定的“有效期限”
【申报标志 】空：未申报 R：已申报
【审核标志 】空：未审核通过 R：已审核通过
【核销标志 】空：手册未核销 R：核销手册已申报 H：核销手册已审核通