征收机关在组织征收农业特产税过程中，依据《国务院关于对农业特产收入征收农业税的规定》和纳税人的生产经营情况、财务管理水平以及便于征收的原则而确定的计算、征收农业特产税税款的形式和方法。
目前各地实行的农业特产税的征收方式主要有：
（1）查定征收。
根据农业特产品生产情况，通过查定纳税人的农业特产品的实际产销情况，核定一个基本符合实际的产量作为计税标准，按照统一规定的计税价格计算出产品的应税收入计算征税。
（2）查账征收。
对生产、经营或收购农业特产品，财务会计制度比较健全，会计核算准确真实，纳税意识较强的国有、集体企事业单位等，按照财务报表所反映的实际产品收入计算征税。
（3）代扣代缴、代收代缴。
省、自治区、直辖市人民政府可明确一些收购单位和个人为扣缴义务人，代收代缴农业特产税。
（4）委托代征。
对某些税源零星分散、税款数额较小的农业特产品种，经省级征收机关决定或批准，可以委托有关单位代征农业特产税。