滞留发票是指销货方对购货方开具增值税专用发票，而购货方由于种种原因在90日内未将专用发票认证及抵扣的增值税专用发票，由于金税工程全国联网，目前增值税发票只要一经防伪税控系统开出，而购货方未去认证则该发票就没有对应的抵扣信息，造成滞留。
造成滞留发票的原因主要有以下几方面：
1.属于购进固定资产，专用发票不得认证；
2.属于购进免税货物用，专用发票不得认证；
3.属于购进非应税项目用，专用发票不得认证；
4.销货方未将专用发票交给购货方，造成存根联滞留；
5.货方接到专用发票超过90日认证期而无法认证抵扣，造成存根联滞留；
6.货方在小规模纳税人期间取得对方开具的专用发票不能抵扣；
7.购货方发生走逃或注销。