海关程序壁垒是指，进口国有关当局在进口商办理通关手续时，要求提供非常复杂或难以获得的资料，甚至商业秘密资料，从而增加进口产品的成本，影响其顺利进入进口国市场；或者通关程序耗时冗长，使得应季的进口产品（如应季服装、农产品等）失去贸易机会；或者对进口产品征收不合理的海关税费等。
例如，1982年10月法国政府宣布，凡录像机进口都必须经过一个叫普瓦蒂埃的口岸。普瓦蒂埃是一个名不见经传的内地小镇，离最近的港口有数百英里。该镇的海关人员很少，大批录像机被海关人员搬出箱子，查看使用说明书是否为法文，结果极大地延迟了过关的时间。加上要求在该口岸过关的消息是在一个不为人注意的小报上公布的，许多日本出口商根本不知道这条消息，还是把货物运到了原来的口岸，然后不得不再转运到普瓦蒂埃，损失无法计量。这样就达到了限制进口日本录像机的目的。