加工贸易合同备案是指加工贸易企业持合法的加工贸易合同到主管海关备案，申请保税并领取加工贸易登记手册或其他准予备案凭证的行为。对符合规定的加工贸易合同，海关应当在规定的期限内予以备案，并核发加工贸易登记手册或其他准予备案的凭证。
加工贸易加工企业必须是具有法人资格的生产企业，以及由经营企业设立的虽不具有法人资格，但实行相对独立核算并已经办理工商营业证（执照）的工厂；经营企业和加工企业必须已经在海关注册登记；申请备案的加工贸易合同已经由商务主管部门审核批准。
（一）企业持进出口合同向外经贸主管部门申请办理《加工贸易业务批准证》和《加工贸易加工企业生产能力证明》；
（二）企业通过电子口岸或鑫海预录入公司向海关申报电子化备案申请（进口料件及出口成品情况需调取备案资料库相关记录）；
（三）企业将齐全、有效的单证交海关申请合同备案；
（四）海关办理备案审核；
（五）海关开出《银行保证金台帐开设联系单》交企业，无需开设台帐企业自行去鑫海预录入公司查询，出现“审批通过”字样，即可通关使用；
（六）企业持《银行保证金台帐开设联系单》向银行申请开设保证金台帐，银行向企业开出《银行保证金台帐登记通知单》；
（七）企业将《银行保证金台帐登记通知单》交海关，海关核注银行开出的《银行保证金台帐登记通知单》；
（八）需打印电子化手册企业 ，可去鑫海预录入公司申请打印。
（一）外经贸部门签发的《加工贸易业务批准证》及相应《备案清单》；
（二）外经贸部门签发的《加工贸易加工企业生产能力证明》（企业在其《生产能力证明》的有效期限内再次申请备案的，可提交加盖本企业公章的《生产能力证明》复印件）；
（三）经营企业对外签订的进出口合同（加盖企业公章），经营企业开展委托加工的，经营企业与加工企业签订的委托加工合同（加盖委托加工双方企业公章）；
（四）合同备案作业呈批表（加盖企业公章）及预录入相关单据；
（五）海关按规定需收取的其他单证资料。
备注：1、首次办理加工贸易业务的企业除以上单证外，还需提交前期验厂所需单证：营业执照、资格证书或批准证书、验资报告、房屋所有证明或租赁协议、设备清单、设备进口报关单或设备发票。2、经海关审核认定需缴纳风险担保金的企业，海关将在手册审核完毕后开出 《中华人民共和国海关保证金收据》、《海关交（付）款通知书》交企业，企业向指定银行缴款并经青岛海关财务部门确认后，将财务部门签字盖章的《海关交（付）款通知书》交海关备案部门保证金窗口。
三、海关工作时限
（一）海关自受理企业备案申请之日起5个工作日内审批完毕；
（二）首次办理加工贸易业务的企业前期验厂不在上述时限范围内。