加工贸易手册核销是指加工贸易单位在合同执行完毕后将《加工贸易登记手册》、进出口专用报关单等有效数据递交海关，由海关核查该合同项下进出口、耗料等情况，以确定征、免、退、补税的海关后续管理中的一项业务。
一、递交单证
1、经营企业填制的《加工贸易核销申请表》；
2、进出口执行完毕的加工贸易《登记手册》，包括分册、续册（电子帐册、电子化手册企业除外）；
3、加工贸易专用进、出口报关单（正本）；
4、已预录入的《加工贸易核销申请表》；
5、《加工贸易单耗申报单》（企业选择在报核环节申报单耗时提供）；
6、海关按规定需要收取的其他单证和材料。
二、工作流程
企业报核→经办人签收手册→审核核销结案→签发《保证金台帐核销联系单》→企业签收《保证金台帐核销联系单》并送交银行→企业将银行回执送交海关→经办人出具《结案通知书》。
三、工作时限
自受理企业报核之日起20个工作日发出台帐核销联系单。
说明；
1、手册在合同有效期到期后一个月内必须向海关申请报核；
2、《加工贸易核销申请表》中须详细填写实际进口料件和出口成品的名称、数量、各种进口料件用于生产各项出口成品的实际单耗，进口总值以及余料、边角料、废料等情况；
3、保税料件或者成品内销、深加工结转、放弃、退运等海关手续须在手册有效期内办结。（报核后也可以补税）。
加工贸易手册核销操作流程
加工贸易手册的核销是指加工贸易企业在加工贸易合同执行完毕后，将《加工贸易登记手册》及其他有关单证递交海关，由海关通过审核或核查，最后确定加工贸易合同征、免、补税等结案方式的过程。
第一条 经营企业报核时，应当递交下列单证：
（一）经营企业申请核销加工贸易货物的书面材料；
（二）经营企业的加工贸易手册，包括分册、续册；
（三）加工贸易专用进出口报关单；
（四）海关按规定需要收取的其他单证和材料。
第二条 经营企业申请办理加工贸易货物内销手续时，除国家另有规定外，应当递交下列单证：
（一）商务主管部门签发的《加工贸易进口料件内销批准证》；
（二）经营企业申请内销加工贸易货物的书面材料；
（三）海关按规定需要收取的其他证件和材料。
经审查，经营企业的申请符合法律、行政法规、规章和海关有关规定的，加工贸易部门应当做出准予内销的决定，签发《加工贸易货物内销征税联系单》，交经营企业办理通关手续。
第三条 经营企业遗失加工贸易手册的，应当及时向加工贸易部门报告。办理遗失加工贸易手册的核销手续时，经营企业应当递交下列单证：
（一）经营企业关于加工贸易手册遗失的书面报告；
（二）经营企业申请核销的书面材料；
（三）加工贸易货物进出口报关单；
（四）缉私部门出具的《行政处罚决定书》。
（五）海关按规定需要收取的其他单证和材料。
第四条 经营企业申请放弃加工贸易货物时，应当递交下列单证：
（一）经营企业申请放弃加工贸易货物的书面材料；
（二）经营企业拟放弃加工贸易货物的清单；
（三）海关按规定需要收取的其他单证和材料。
经审查，经营企业的申请符合法律、行政法规、规章和海关有关规定的，加工贸易部门应当做出准予放弃加工贸易货物的决定的，开具《加工贸易企业放弃加工贸易货物交接单》，经营企业应当在规定的时间内将拟放弃的加工贸易货物运至指定的仓库，并办理有关货物的通关手续。
第五条 经营企业申请办理剩余料件结转时，应当递交下列单证：
（一）经营企业申请剩余料件结转的书面材料；
（二）经营企业拟结转的剩余料件清单；
（三）海关按规定需收取的其他单证和材料。
经审查，经营企业的申请符合法律、行政法规、规章和海关有关规定的，加工贸易部门应当做出准予结转剩余料件的决定，签发《加工贸易剩余料件结转联系单》，交经营企业办理有关货物的通关手续。
第六条 经营企业因涉及知识产权等原因申请销毁加工贸易货物的，海关经核实可以同意企业按规定对有关货物做销毁处理，必要时海关可以派员监销。加工贸易部门凭有关部门出具的销毁证明材料核销有关货物。
第七条 经核销准予结案的，加工贸易部门向经营企业签发《核销结案通知书》。
已开设加工贸易银行保证金台帐的，加工贸易部门凭银行签发的有效的《银行保证金台帐核销通知单》签发《核销结案通知单》。