海关特殊监管区域是经国务院批准，设立在中华人民共和国关境内，赋予承接国际产业转移、联接国内国际两个市场的特殊功能和政策，由海关为主实施封闭监管的特定经济功能区域。
海关特殊监管区域有保税区、出口加工区、保税物流园区、跨境工业园区、保税港区、综合保税区多种模式。
保税区
企业注册备案流程
（一）企业递交注册申请材料；
（二）经办人员初审；
（三）科长复审；
（四）报关长审批；
（五）向企业核发海关注册登记证书及自用物资手册；
（六）企业申领企业编码；
（七）正式业务开展。
企业注册备案递交注册申请材料
（一）中资企业
1、企业法人营业执照（正本及复印件）；
2、企业章程复印件（股东签字）；
3、企业法人身份证（复印件）；
4、银行开户许可证正本及复印件；
5、企业在区内购房、租房合同或土地使用证，房屋租售登记(正本及复印件)；
6、企业海关登记注册申请表（加盖公章及法人章）；
7、验资报告正本（附银行进帐单）。
8、海关认为必要的其他单证。
（二）外商投资企业
1、管委会批复、批准证书、企业法人营业执照(正本及复印件)；
2、企业章程、合同(复印件)（独资企业不要合同）；
3、企业法人身份证(复印件)（法人代表为外籍或港澳台籍的须有委托书及被委托的国内主管经理人身份证复印件）；
4、企业银行开户许可证(正本及复印件)；
5、企业在区内购房、租房合同或土地使用证、房屋租售登记(正本及复印件)；
6、企业海关登记注册申请表（加盖公章及法人章）。
7、海关认为必要的其他单证。
加工贸易合同备案需企业递交申请材料
1、加工贸易登记手册；
2、进口合同或来料加工合同一式两份；
3、初次申请需递交租房协议或土地使用证、房产证复印件并经过海关人员验厂；
4、海关认为必要的其他单证。
加工贸易中期补税企业递交申请材料
1、制成品内销补税申请；
2、制成品单耗表；
3、制成品折算原材料明细表；
4、进口原材料入区报关单；
5、内销合同、发票、箱单；
6、内销货物所对应监管条件的相关凭证；
7、国产料件入区单据（制成品全部使用保税进口料件的除外）；
8、制成品分摊制造费用明细表（制成品使用国产料件的除外）；
9、海关认为必要的其他单证。
加工贸易手册核销企业递交申请材料
1、企业核销报表；
2、加工贸易手册；
3、进口原材料保税入区报关单（加盖验讫章联）及发票、合同、箱单；
4、制成品返销出口报关单（加盖验讫章联）及发票、合同、箱单；
5、制成品中期补税通知书、报关单、税单；
6、海关需要的其他单证。
加工贸易企业电子帐册备案
（一）作业流程
企业准备有关材料 —→ 管委会审批 —→ 海关受理单证 —→三级审批—→电子帐册备案
（二）所需提交单证
1、《出口加工区报备申请表》；
2、《加工贸易加工企业生产能力证明》；
3、《进口料件申请备案 清单》、《进口设备备案清单》、《出口成品备案清单》、《单耗报备申请表》；
4、《出口加工区加工贸易批准证》。
电子帐册变更
（一）作业流程
企业准备有关材料 —→ 管委会审批 —→ 海关受理单证 —→ 二级审批—→电子帐册变更
（二）所需提交单证
1、《出口加工区变更申请表》；
2、《进口料件变更申请表》、《进口设备变更申请表》、《出口成品变更申请表》、《单耗报备申请表》；
3、《出口加工区加工贸易批准证》。
电子帐册核销
（一）预报核
1、作业流程
企业准备有关材料 —→ 海关受理单证 —→ 三级审批 —→预报核核销
2 、所需提交单证
《预报核申情表》、核销期内进出口货物备案清单正本。
（二）正式报核
1、作业流程
企业准备有关材料 —→ 海关受理单证 —→下厂核查（海关认为需要时）—→ 三级审批 —→ 海关核销
2 、所需提交单证：
《电子帐册报核申请表》、《进出口情况明细清单》、《报核电子帐册料件核销核算表》、《报核电子帐册成品核销核算表》、《电子帐册本期余料申报数量登记表》、《电子帐册本期废料登记表》及其他海关要求的单证等。