“一窗式”管理的核心内容是，征收单位办税大厅的纳税申报窗口必须进行“票表稽核”，以审核增值税纳税申报的真实性。纳税申报窗口“票表稽核”的具体做法是：用防伪税控报税系统采集的专用发票存根联销项金额、税额信息比对纳税人申报的防伪税控系统开具的销项金额、税额数据，二者的逻辑关系必须相等；同时，用防伪税控认证系统采集的专用发票抵扣联进项金额、税额信息比对纳税人申报的防伪税控系统开具的进项金额、税额信息，且认证系统采集的进项信息必须大于或等于申报资料中所填列的上述进项信息。
为实现一窗式管理，征收单位应当将办税大厅的窗口功能进行归并，实行“一窗式”管理，即在一个窗口面对纳税人，统一办理防伪税控IC卡报税、专用发票抵扣联认证和纳税申报。不再单独设置报税窗口，对专用发票抵扣联认证数量大的可以单独设置认证窗口。对“票表稽核”不符的需现场解决，为提高工作效率，减少纳税人排队等候的时间，各征收单位应在办税服务厅设立“比对异常处理”窗口，专门处理“票表稽核”不符的情况。
“一窗式”窗口设置有如下三种模式。各地应以模式一为主；如果各地因空间等条件限制而无法实现模式一，可以采用模式二；模式三需要增加设备。？
两窗三人
在并列的两个申报纳税窗口中，两人分别临窗受理纳税人的申报资料及抄报税、认证资料，并负责处理纳税申报事宜；第三人在后台，负责处理两个窗口接受的纳税人的抄报税事宜。具体流程为，两个窗口接受纳税人的抄报税和申报资料后，将报税卡交后台，由后台一人在读卡器上完成插卡报税，然后，将申报资料交由两个纳税申报人员处理纳税申报和票表比对等事宜。？
窗口计算机配置方式为，两个纳税申报人员各配备一台PC机，处理纳税申报；抄报税人员配备一台装有读卡器的PC机。
如果条件允许，还可以按照“两窗三人”模式，扩展成为“三窗四人”形式，即，三人临窗办税，一人在后“插卡报税”。
一窗二人
在一个申报纳税窗口中，一人临窗受理纳税人的申报资料及抄报税、认证资料，并负责处理申报事宜；另一人在后台，负责处理纳税人的抄报税事宜。具体流程为，窗口接受纳税人的抄报税和申报资料后，由一人处理抄报税，完成后，将申报资料交由纳税申报人员处理申报事宜。？
窗口计算机配置方式为，两个人员各配备一台PC机，其中，一台装有读卡器。？
一窗一人
在一个申报纳税窗口中，一个税务人员按照先抄报税、认证，后申报的顺序临窗受理纳税人的抄报税、认证和申报事宜？
窗口计算机的配置方式为，两台PC机，共享一台显示器、键盘和鼠标，在两台PC机上分别运行报税子系统与征管系统的客户端程序，通过转换器进行系统切换。“窗口”接受纳税人的抄报税和申报资料后，由一人通过转换器依次处理抄报税和申报事项。
税务机关在一个窗口受理抄报税、认证和纳税申报。每个纳税人进入办税大厅后，直接到纳税申报窗口递交纳税申报资料、抄报税IC卡或软盘以及需认证的发票抵扣联（抵扣联认证量大的也可单设窗口办理），然后由负责受理工作的税务人员依照先操作抄报税、认证，再操作纳税申报的顺序进行。抄报税和认证信息先由防伪税控系统采集，并形成接口文件。在受理纳税人申报时，必须用防伪税控报税系统采集的专用发票存根联销项信息比对纳税人申报的防伪税控系统开具的销项信息，同时用防伪税控认证系统采集的专用发票抵扣联进项信息比对纳税人申报的防伪税控系统开具的进项信息，从而达到在申报系统中即时比对的目的。