世界贸易组织的决策，按决策的内容与性质而言，可分为六类：第一类是一般性决策；第二类是世界贸易组织的协定、协议相关条款作出解释的决策；第三类是行使豁免权的决策；第四类是修改协定、协议的决策；第五类是部长级会议关于谈判其他协议的决策；第六类是关于诸边贸易协议的决策。按照决策的形式分，可分为协商一致决策和投票决策两种形式。如不能以协商一致方式达成决定时，则将以投票决定。在部长级会议和总理事会上，世界贸易组织成员均有一票投票权。通常，一项决议以多数通过，除非另有规定。
（一）协商一致决策机制
《建立世界贸易组织的协议》第6条规定，除非另有规定，世界贸易组织以关贸总协定所遵循的“决定、程序和惯例为指导”，即继续实行1947年关贸总协定所遵循的经协商一致（consensus）进行决策（decision making）的惯例，又称为合意决策。对于提交给有关机构讨论的事项，如果出席作出决定的会议的成员方无一正式反对拟订的决定，该决定应被认定为经协商一致通过。可见，协商一致是世贸组织基本的决策方式。合意（协商一致）的含义是“在作出决定的会议上，如果任何一个与会的成员对拟通过的决议不正式提出反对”就算达成合意。
争端解决机构关于成立评审组申请、通过评审组审议报告或上诉机构审议报告，除非协商一致反对，否则该申请或报告通过，即“反向”协商一致。
（二）投票决策
除非《建立世界贸易组织的协议》有关多边贸易协定中另有规定，部长会议和总理事会的决定应以投票的多数决策。至于这种多数到底应至少有多少票数为法定多数，《建立世界贸易组织的协议》未作统一规定，而是根据所决定的事项，分别作出了如下不同的决策方式：
1、以全体成员通过的决议事项
对《建立世界贸易组织的协议》第9条（决策条款）、《1994年关贸总协定》第1条和第2条（最惠国待遇和关税约束条款）、《服务贸易总协定》第2条第1款（服务贸易的最惠国待遇条款）和《知识产权协定》第4条（与知识产权有关的最惠国待遇和国民待遇条款）所作的修订，只有被所有成员接受后方可生效。
2、以四分之三多数通过的决议事项
（1）部长级会议和总理事会拥有《建立世界贸易组织的协议》和多边贸易协议解释的专门权利，当解释涉及《最后文件》附件一所列的各项多边贸易协定时，部长会议和总理事会应在有关分理事会的建议基础上行使其解释权。通过解释的决定以成员四分之三多数通过。
（2）有关豁免义务的申请，如不能协商一致，部长级会议可以四分之三表决方式作出免除一成员义务的决定，但有两种例外，①当豁免义务的决定所涉及的是某一请求成员方未在有关期限内履行过渡期或分阶段实施期的任何义务时，此等决定只能以协商一致的方式来采取：②有关《建立世界贸易组织的协议》的某项豁免请求应提交给部长会议依照协商一致的决策惯例进行考虑。为此，部长会议应确定一个不超过90天的考虑有关请求的期限。如果在此期限内未达成协商一致，给予豁免的决定仍应以三分之二多数来采取。凡涉及各多边贸易协定的豁免请求，应首先提交给有关的分理事会（货物贸易理事会、服务贸易理事会或与贸易有关的知识产权理事会）。有关分理事会应在不超过90天的期限内考虑此等申请。当期限结束时，有关分理事会应向部长会议提交一份报告。部长会议给予豁免的决定，应陈述证明此等决定的特殊情况、有关豁免适用的期限与条件和豁免应终止的日期。部长会议对于任何超过1年的豁免，应在豁免决定作出后不迟于1年内进行审查，此后应每年审查直到豁免所附加的各种条件是否符合。部长会议基于年度审查可延长、修改或终止有关豁免。
3、以三分之二多数通过的决议事项
（1）除上述1需全体成员一致通过修正的条款外，对《建立世界贸易组织的协议》或货物贸易多边协议、知识产权协定的其它条款以及服务贸易总协定第一、二、三部分的修正需得到三分之二以上成员同意，若某项修正未从实质上改变成员的权利和义务。如果某项修正从实质上改变成员的权利和义务，那么，即使已获得三分之二多数通过，也将只对那些接受此类修正的成员生效。
但是，《建立世界贸易组织的协议》又规定，“部长级会议可经四分之三成员同意决定，根据上述规定生效的任何修正属于这样的性质，即任何成员在部长级会议规定的时限内不接受修正，则可退出世界贸易组织，或经部长级会议同意，仍为成员。这就是说，若某项修正有特殊的重要性，却未被某成员接受，那么该成员可退出或被开除出世界贸易组织。
《建立世界贸易组织的协议》第10条第1款规定，世贸组织的任何成员方可通过向部长会议提交建议案的方式，提出修订《建立世界贸易组织的协议》及其各多边贸易协定的动议。各分理事会也可就其所监督的相应多边贸易协定的条文修订，向部长会议提交建议案。在建议案被正式列为部长会议议事日程后的90天内（除非部长会议决定更长的期限），部长会议将拟定的修正案提交各成员方接受的决定应以协商一致决定。如果达成协商一致，部长会议应立即将拟定的修正案提交各成员方接受，如果在确立的期限内未能在部长级会议上达成协商一致，部长级会议应成员方的三分之二多数决定是否将拟定的修正案提交各成员方接受。除第10条另有具体规定者外，部长会议的决定应确定修正案生效的方式。然后，第10条第2款至第10款分别就具体的协定、条文和内容的修正与生效作出了详细的规定：第一， 除《建立世界贸易组织的协议》另有规定者外，《建立世界贸易组织的协议》、各多边货物贸易协定和与贸易有关的知识产权协定条文的修正，如果会更改成员方的权利和义务，应经成员方三分之二的接受得以生效，然后，对接受此等修正的每一其他成员方生效。如果某一成员方未在部长会议确定的期限内接受业已生效的修正，部长会议可以经成员方四分之三多数决定该成员方应自由退出世贸组织或经部长会议同意保留其成员资格。第二， 除另有规定者外，《建立世界贸易组织的协议》、各多边货物贸易协定和与贸易有关的知识产权协定条文的修正，如果不会更改成员方的权利和义务，应以成员方三分之二的接受得以生效。在通常的情况下，有关修正案会导致成员方原有的义务的变动。至于特定修正案不会产生此等变动的判断，应由部长会议以成员方四分之三多数通过的方式来决定。第三， 关于下列特定条文的修正，只有经全体成员方接受后才能生效：①《建立世界贸易组织的协议》第10条（修正）；②《建立世界贸易组织的协议》第9（决策）；③1994年关贸总协定第1条和第2条（最惠国待遇和关税减让表）；④服务贸易总协定第2条第1款（最惠国待遇）；⑤与贸易有关的知识产权协定第4条（最惠国待遇）。第四， 除上述规定外，服务贸易总协定第一、二和三部分及相应的附件的修正，应经成员方三分之二的接受对已接受的成员方生效，然后对每一接受修正的成员生效。对于某一成员方未在部长会议确定的期限内接受业已生效的修正，部长会议可以经成员方四分之三多数决定该成员方应自由退出世贸组织或经部长会议同意保留其成员资格。服务贸易协定第四、五和六部分及相应附件的修正经三分之二的成员方接受对全体成员方生效。第五，尽管有上述规定，如果与贸易有关的知识产权协定的修正是为了将业已取得和生效的知识产权保护调整到一个更高的程度，此等修正，在与贸易有关的知识产权理事会协商一致的提案的基础上，可由部长会议通过而无需进一步的正式接受程序。第六，任何成员方得通过向部长会议递交提案的方式，发动对《关于争端解决规则和程序谅解书》和《贸易政策审查机制》条文的修正。关于批准谅解书修正的决定，应以协商一致的方式作出，并经部长会议批准后对全体成员方生效。关于批准“审查机制”修正的决定，经部长会议批准后，应对全体成员方生效。最后，部长会议经某一贸易协定缔约方(同时为世贸组织成员方)的请求，可以协商一致的方式排他地决定将它增补为附件四的协定（诸边贸易协定）。同样地，经某一诸边协定的缔约方的请求，部长会议也可将该协定从附件四（诸边贸易协定）中删除。
（2）新成员的加入需要三分之二以上成员的批准。
根据《建立世界贸易组织的协议》第12条第2款的规定，接纳新成员的决定由部长会议作出。部长会议应以世贸组织成员方三分之二多数通过的方式批准关于接纳条件的协定。
4、以简单多数（即半数以上）通过的决议事项
（1）部长级会议和总理事会的决定以所投票数的简单多数作出，除非有关协议另有规定。
（2）有关知识产权协定中提高现行知识产权保护水平的修正以及所有接受这些协议的决定，只要由部长级会议以简单多数通过即可。