诸边贸易协议设置的委员会(Committee)是总理事会的下属机构，也可称为附属机构，现有：信息技术协议委员会（Committee on Information Technology Agreement）、政府采购委员会(Committee on Government Procurement)、民用航空器贸易委员会(Committee on Trade in Civil Aircraft)等，国际奶制品委员会、国际肉类委员会因这两项协议于1997年底废止，其职能转给农业委员会和卫生与植物卫生措施委员会承担。诸边贸易机构的职能由诸边贸易协议赋予，并在世界贸易组织体制框架内运作，并定期向总理事会通报其活动。