世界贸易组织在部长会议下设立专门委员会，以处理和执行由《建立世界贸易组织的协议》、多边贸易协议所赋予的职能，以及由总理事会赋予的额外职能。他们负责处理跨部门的广泛的事务，包括负责处理三个理事会的共性事务以及三个理事会管辖范围以外的事务。各委员会向总理事会直接负责。

　　现有五个委员会：预算财务和行政管理委员会(Committee on Budget， Finance and Administration，简称预算委员会)，负责审议世界贸易组织秘书处提交的年度预算草案和财政报告，并就此向总理事会提出建议，就如何在成员之间分摊世界贸易组织开支和对欠款采取措施等问题向总理事会提出建议，起草世界贸易组织财务条例；贸易与发展委员会（Committee on Trade and Development，简称CTD）负责审议发展中国家的特殊条款的实施情况；国际收支限制委员会(Committee on Balance of Payments Restrictions 简称BOP)负责审议成员因国际收支原因而采取的贸易限制措施；贸易与环境委员会(Committee on Trade and Environment)负责审议贸易与环境的关系及其影响；区域贸易协定委员会(Committee on Regional Trade Agreements)负责审议区域集团与世界贸易组织的关系及其影响；以后根据需要，还可能设立其它委员会。所有成员均可参加上述委员会。在各委员会下，根据需要还设立各种专门机构以处理各种事务，如贸易与发展委员会还要定期审议多边贸易协议中有利于最不发达国家的特殊条款，为此设立了“最不发达国家小组委员会”（Subcommittee on Least-Development Countries）。这些常设的委员会对所有成员开放。