《建立世界贸易组织的协议》第6条规定，应设立由一名总干事（Director General）领导下的世贸组织秘书处（Secretariat of the WTO）。
世贸组织的总干事应由部长会议任命，其权力、职责、任职条件和期限均由部长会议通过的规章来确定。秘书处的所有职员则由总干事任命，并由总干事依照部长会议通过的规章确定职员的职责和任职条件。
总干事和秘书处职员的职责应具有排他的国际性质。总干事和秘书处职员在行使职责的过程中，不得寻求或接受来自世贸组织以外的任何政府或任何其他权威机构的指示。
总干事和秘书处职员不得作出可能消极影响其作为国际官员（international officials）地位的任何行动。
世贸组织各成员方应尊重总干事和秘书处职员的职责的国际性质，并不得在他们履行职责的过程中施加影响。
为此，《建立世界贸易组织的协议》为他们规定了特权与豁免。世贸组织的总干事是世贸组织的行政首长，其任命为各成员方重视和关注。