WTO《实施卫生与植物卫生措施协议》规定，各成员在制定、采用和实施卫生与植物卫生措施时，应遵循以下原则：

　　1、非歧视地实施卫生与植物卫生措施。成员在实施卫生与植物卫生措施时，不能在情形相同或相似的成员间以及其他成员之间造成任意或不合理的歧视，尤其是在有关控制、检验和批准程序方面，应给予其他成员的产品国民待遇。

　　2、以科学为依据实施卫生和植物卫生措施。成员应确保其采用的任何卫生与植物卫生措施以科学为依据，不得实施或停止实施没有充分科学依据的卫生和植物卫生措施，在科学依据不充分的情况下，可临时采取某种卫生与植物卫生措施，但应在合理的期限内作出科学评估。

　　3、以国际标准为基础制定卫生与植物卫生措施。为广泛协调成员所实施的卫生与植物卫生措施，各成员应根据现行的国际标准制定本国的卫生与植物卫生措施。在没有相关国际标准的情况下，成员采取卫生与植物卫生措施必须根据有害生物风险分析的结果。

　　协议认为，符合国际标准、准则和建议的卫生与植物卫生措施是保护人类、动物、植物的生命和健康所必需的。协议规定，各成员可以实施和维持比现有国际标准、准则和建议更高的标准，但要有科学依据。实施没有国际标准、准则和建议的卫生与植物卫生措施时，或实施的卫生与植物卫生措施与国际标准、准则和建议的内容实质上不一致时，如果限制或潜在地限制了出口方的产品进口，进口方则要向出口方做出理由解析，并及早发出通知。

　　4、等同对待出口成员达到要求的卫生与植物卫生措施。由于气候的不同、原产地不同以及有害生物和食品状况的不同，进口成员总是采取同一种卫生与植物卫生措施显然是不适当的，这样将直接影响动植物和食品在洲与洲、国与国之间的移动。协议规定成员可根据等同性的原则进行成员间的磋商并达成双边和多边协议。

　　5、根据有害生物风险分析确定适当的保护水平。协议规定，成员在制定卫生与植物卫生措施时应以有害生物风险分析为基础。

　　6、接受病虫害“非疫区”和病虫害“低度流行区”的概念。协议规定各成员应承认病虫害“非疫区”或病虫害“低度流行区”的概念。

　　7、保持卫生与植物卫生措施有关法规的透明度。协议规定成员应确保及时公布有关卫生与植物卫生措施的法律、法规，成员要通知卫生与植物卫生措施的改变，提供其卫生与植物卫生措施的信息。