WTO《装船前检验协议》建立了三层争端解决制度。第一，由装运前检验机构按其内部上诉程序审议出口商提出的申诉；第二，独立实体选定的专家组按独立审议程序解决检验机构与出口商之间的争议；第三，通过世界贸易组织争端解决程序来解决政府之间在装运前检验协议实施方面的争端。协议规定，各成员应就影响本协议实施的任何事项与其他成员进行磋商，磋商和任何争端按《关于争端解决规则与程序的谅解》规定进行。
协议没有规定设立专门委员会监督《装运前检验协议》的执行，该协议由货物贸易理事会直接实施监督。协议规定由部长级会议每3年审议一次，部长级会议可根据实施情况，对协议进行修正。