互惠原则的例外，是指世界贸易组织成员根据WTO各个协定的相关条款暂停履行世界贸易组织协定的义务，或实施可能与之义务不符的措施的权利。主要体现在：
1、关税与贸易总协定的第四部分，该部分第36条至第38条的对发展中国家的优惠待遇及“东京回合”对发展中国家的“授权条款”安排，例如第36条第8款规定,“发达的缔约各方在贸易谈判中对最不发达缔约各方的贸易所承诺的减让或撤除关税和其他贸易壁垒的义务不能希望得到互惠”。
2、关税与贸易总协定的“免责条款”。主要有：（1第11条和第18条国际收支限制的例外，（2）第19条对某些产品进口的紧急措施；（3）第20条和第21条规定的一般例外和国家安全例外；（4）第24条关税同盟和自由贸易区的例外；（5）第25条豁免义务的例外；
在《服务贸易总协定》、《与贸易有关的知识产权协定》等协定中也有一些类似内容。