根据世界贸易组织多边贸易协议条款中的规定，成员之间在某些特定情况下不适用协议最惠国待遇条款，并附列了种种例外规定，世界贸易组织的最惠国待遇的例外条款使得其成员在一定的范围内合法地不履行最惠国待遇的义务，最为典型的例外条款有以下几种：

　　1、边境贸易的例外

　　边境贸易是指对毗邻国家边境地区的居民和企业，在距边境线两边各15公里以内地带从事的小额贸易活动，在关税、海关通关手续上给予减免等优惠待遇，目的是方便边境两边的居民互通有无。《关贸总协定》第24条第3款规定，关贸总协定的各项规定不得阻止任何成员为便利边境贸易对毗邻国家给予的某种好处或减让等利益。最惠国待遇原则不适用于任何成员为便利边境贸易所提供的或将要提供的权利和优惠。

　　2、关税同盟和自由贸易区的例外

　　《关贸总协定》第24条第5款规定成员之间在其领土范围内可以建立关税同盟或自由贸易区，但要求建立关税同盟和自由贸易区之后其成员之间的关税和非关税壁垒应低于建立前的水平；同时认为关税同盟和自由贸易区范围内的优惠措施仅限于其成员之间享受，不适用于来自区域集团外的产品和服务，即最惠国待遇原则例外。例如，欧洲联盟、北美自由贸易区的成员之间在关税上的免税待遇，应作为世界贸易组织最惠国待遇的例外，而不适用于其它非关税同盟的世界贸易组织成员。

　　《服务贸易总协定》则有“经济一体化”的例外条款，与《关贸总协定》第24条类似。

　　3、服务贸易的一次性例外

　　《服务贸易总协定》规定，在该协定生效时，已在双边或几个国家之间签有服务贸易优惠协定的，可一次性列出豁免清单，作为最惠国待遇原则的例外，但一般要在2005年取消。

　　4、知识产权领域的例外

　　成员给予任何其他国家的知识产权所有者或持有者的下述一些权利，对世界贸易组织成员可不适用最惠国待遇原则：在一般司法协助的国际协议中享有的权利；《与贸易有关的知识产权协定》第4条规定，在世界贸易组织成立前已生效的国际知识产权保护公约中规定的权利，即最惠国待遇方面的优惠、特权及豁免的例外规定不在当事国义务范围内。

　　5、对发展中国家成员的例外

　　世界贸易组织允许对发展中国家成员实行特殊和差别优惠待遇，关贸总协定允许发展中国家成员相互间实行优惠待遇，而不将此优惠待遇给予发达国家成员，如普遍优惠制、“最佳努力”条款与“授权条款”。发达国家给予发展中国家出口的工业品及半成品以更加优惠的差别的关税待遇；在非关税措施方面给予发展中国家更为优惠的差别的待遇；发展中国家之间实行的优惠关税；对最不发达国家的特殊优惠；可不给予其他发达国家成员。

　　此外， 最惠国待遇原则还有以下例外情况：第一，一些成员为保障动、植物及人民的生命、健康、安全或一些特定目的对进出口采取的所有措施，不受最惠国待遇的约束； 第二，当一国的国家安全受到威胁时，可以不受最惠国待遇的约束；第三，反补贴、反倾销及在争端解决机制下授权采取的报复措施，不受最惠国待遇的约束； 第四，货物贸易中的政府采购不受世贸组织管辖，所以不受最惠国待遇的约束；第五，不属世贸组织管辖范围的诸边贸易协议中的义务。主要指在民用航空器贸易、奶制品及牛肉贸易等方面，世贸组织成员彼此间可以不给予最惠国待遇。