贸易保护措施在保护国内市场的同时，也付出一定的代价。根据国外商业政策的理论，保护贸易的代价是：
（1）负重代价。即由于没有按照国际市场价格安排本国的生产和消费而造成的国内生产和消费政策的扭曲。一国应该生产本国具有比较优势的产品而进口具有比较劣势的产品，然而，采取贸易保护措施的结果却使一国被保护的国内同类产品的进口价格过高而造成消费决策的扭曲，产生“消费负重”。同时，由于生产受保护产品的企业获得的补偿过多而造成生产决策的扭曲，产生“生产负重”，使该国不能根据国际市场价格和本国比较优势来安排生产。
（2）生产的低效率。由于贸易保护措施会助长国内经济的垄断，垄断者为扩大自己的利益而减少产品的产量。同时，落后产业受到保护的结果，使这些产业缺乏改进技术、提高效率的动力，从而造成生产低效率的代价。
（3）非生产性营利。在实行保护贸易的情况下，生产获得保护产品的企业就可因国内商品价格提高而获得丰厚的利润和税收收益，从而获得非生产性营利。此外，如果国内企业获得进口配额权，则由于进口赢得商品而同样获得高额利润。非生产性营利的产生反映了国内利益分配的不公。